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贵州白香猪遗传结构分析 贵州白香猪起源于贵州省黔东南苗族自治州和“中国香猪之乡”。它的独特地理位置、复杂多样的地形、以及少数民族独特的经济活动和文化活动，形成了当地的香猪品种。贵州大学香猪育种场自1997年对其进行引种和选育, 选用贵州“两头乌小香猪”选配, 经多代选育后培育出了全白毛香猪, 并被命名为白香猪 (刘培琼等, 1998) 。到目前为止, 贵州白香猪现已繁育到第12代, 初步分为Ⅰ系 (两头乌香猪) 和Ⅱ系 (全白毛香猪) 。贵州白香猪常与滇南小耳猪、五指山小型猪、广西巴马小型香猪及一些商品猪比较其遗传变异程度和品种间的亲缘关系, 如姚绍宽等 (2006)分析了剑白香猪等中国7个小型猪种及杜洛克等3个外来猪种的群内遗传变异性和群间遗传差异, 但对于贵州白香猪本身的系统全面的研究较少。于冰等 (2009)对10世代贵州白香猪2个品系的遗传分析, 得知贵州白香猪是一个遗传背景清楚、遗传性稳定的群体, 非常适合往试验用猪方向发展。本研究利用微卫星标记来检测F11、F12世代的贵州白香猪群体遗传结构, 旨在为贵州白香猪品种资源的保存及进一步的遗传育种工作提供参考依据, 为其试验动物化提供遗传学依据。 1 材料和方法 1.1 系贵州白香猪 试验所用香猪来自贵州大学香猪育种场, F11世代贵州白香猪Ⅰ系和Ⅱ系各25头, F12世代贵州白香猪Ⅰ系和Ⅱ系各25头, 试验用贵州白香猪共100头, 且每个品系公母猪头数较均等。 1.2 微卫星基因座的位置 根据Barker (1994)微卫星选择标准, 综合考虑了微卫星基因座在染色体上的位置、引物序列组成特点、多态性等多方面因素, 最后从相关资料和GenBank中选出了位于不同染色体上的30个位点。引物由上海捷瑞生物工程有限公司合成。 1.3 方法 1.3.1 样品溶液配制 于试验猪3月龄时进行前腔静脉采集血样, 肝素抗凝, 放入冰盒中带回实验室, -20 ℃保存备用。使用TaKaRa Blood Genome DNA Ex-traction Kit提取基因组总DNA, 用0.8%琼脂糖凝胶检测后, -20 ℃保存备用。 1.3.2 pcr扩增检测dna PCR反应体系为20 μL:ddH2O 6 μL, 2×TapPCR Master Mix (购于北京天跟生物公司) 10 μL, 上、下游引物各1 μL, DNA模板2 μL。PCR反应程序:95 ℃预变性5 min; 94 ℃变性30 s, 48～66 ℃退火30 s (表1) , 72 ℃延伸30 s, 33个循环;72 ℃延伸10 min, 4 ℃保存。扩增产物经0.8%琼脂糖凝胶电泳检测后, 有阳性反应的在12%的变性聚丙烯酰胺凝胶稳压220 V电泳10～11 h, 银染显带。 1.3.3 大小判定基因型 用Glyko BandScan软件进行目的片段分子质量大小的标定, 根据分子质量大小判定基因型。采用Popgene 32软件计算F11、F12世代的贵州白香猪两个品系在30个微卫星位点上的等位基因 (Na) 、有效等位基因 (Ne) 、杂合度 (H) , 采用PIC_Calc 0.6软件计算多态信息含量 (PIC) 等。 2 结果与分析 2.1 pcr扩增 2.22 一个世代和两个系统的27个微卫星位上的等位基因数和有效等位基因数 2.32 一个世代和两个系统在27个微卫星座上的混合度h、多态信息含量pic和接近交叉系数上的杂合度 3 讨论 3.1 群体的近交程度比较 等 (2000) 认为, 近交是关于经济性状遗传改进的一个参数, 它将近交定义为有共同祖先的个体间的交配, 近交系数可用真实后代数或群体大小及家系变异来估计。近交系由于具有相同的基因型, 因此可缓和环境效应的影响, 为分子遗传研究提供了非常有价值的方法。王昕等 (2006)利用10个微卫星标记估计了中国10个地方猪种的群体近交系数, 结果表明, 在随机交配群体中, 贵州小型香猪的近交系数最高为0.1992, 汉中黑猪的近交系数最低为0.0727。在近交群体中, 贵州小型香猪近交系和巴马香猪近交系的近交系数分别为0.5907和0.4761。平均基因纯合率在很大程度上也可以代表一个群体的近交程度。侯冠彧等 (2007)利用26个微卫星基因座对五指山猪小群体58个样本进行了遗传学检测, 得出全群平均基因纯合率为66.5%, 说明该群体近交程度较高。于冰等 (2010)采用24个微卫星标记对10世代贵州白香猪2个品系的遗传变异进行了检测, 2个品系近交系数分别为0.5377、0.5605。本研究利用27个微卫星座位测得的F11世代贵州白香猪Ⅱ系的平均近交系数为0.5779, 比Ⅰ系0.5418高;F12世代贵州白香猪Ⅱ系的平均近交系数为0.6132, 比Ⅰ系0.5