第3章分子图谱的构建课件.pptxVIP

第3章 分子图谱的构建 一、作图群体的发展 二、图谱构建的基本理论 三、数据处理 四、图谱的完善 五、比较基因作图 1 遗传作图 (Genetic mapping) 即遗传图谱的构 建。它是利用遗传学的原理和方法，构建能反映 基因组中遗传标记之间遗传关系的图谱。 传统遗传图中的遗传标记主要是形态学标记。 形态学标记的数量不多，但利用形态学标记作图 的时间很长，在二十世纪的前八十年主要是利用 形态学标记作图。 2 3 传统遗传图 分子遗传图谱： 不同分子标记在染色体上的相对位 置或排列情况。 遗传图谱只显示基因间在染色体上的相对 位置，并不反映在染色体上的实际距离。 基本步骤： 标记选择 亲本多态性分析与亲本组合选择 发展作图群体 群体标记基因型分析 数据分析处理 图谱绘制与完善 4 一、作图群体的发展 作图群体的基本要求： . 群体要足够大； . 群体随机分离； . 双亲间的多态性高。 5 1、亲本的选择 (1)亲本之间的多态性： 一般取决于其亲缘关系， 可用地理、形态、血缘等关系或同工酶多态性作为判断依 据。不同作物多态性表现不同，所要求的双亲亲缘关系远 近也不同。 (2)亲本的纯合性。 (3)杂交后代的育性。 (4)亲本及其F1细胞学特性，避免染色体变异。 6 2、分离群体的类型 暂时性分离群体：F2 、F3 、F4 、BC、三交群体等； 永久性群体：RI、DH群体等； 7 (1) F2群体 群体的分离特点: P: F1: F2 : 8 P1 P2 1 2 3 4 5 6 7 200 CAPS251 Genotypes A B H H A B H H H B A: H: B=1: 2: 1 P1 × P2 F1 F2 9 基因型的读数(score) : 1-亲本1的纯合基因型(aa ) 2-杂合体(ab) 3-亲本2的纯合基因型(bb) 0-缺资料 P1 P2 F2 1 3 1 3 2 10 群体的特点: 优点： . 群体容易产生； . 群体分离符合孟德尔规律； . 基因型(带型)容易识别。 缺点： . 非永久性群体，难以长期保存； . 每个个体提供的DNA数量有限； . 存在杂合基因型，对显性标记将出现信息简并； . 表型鉴定误差大，特别是对于数量性状而言。 11 群体的分离特点: P: F1: BC1 : (2) BC1群体(回交一代群体) 12 P1 X P2 × P1 BC1 H H A H H A H A A: H=1: 1 P1 P2 CAPS251 Genotypes A B 1 2 3 4 5 6 7 200 F1 13 基因型的读数(score) : 1-轮回亲本的纯合基因型(aa ) 2-杂合体(ab) 3-非轮回亲本的纯合基因型(bb) 0-缺资料 P1 P2 1 3 1 2 0 BC1 14 群体的特点: 优点： . 群体容易产生； . 直接反映了F1代配子的分离比例，作图效率高； . 适合亲缘关系较远的亲本； 缺点： . 非永久性群体； . 当显性时表现型和基因型鉴定都有麻烦； . 对人工杂交困难的植物，不易建立大的群体，且易 出现假杂种。 15 (3) RI群体 RI群体，即重组近交系 (Recombinant inbred lines) 群体，是由重组近交系组成 的分离群体。系由F2经多代 自交一粒传 (single seed descendant) 使后代基因组 相对纯合的群体。 群体的分离 特点: P: F1: F : n 17 P1 P2 1 2 3 4 5 6 7 8 RA1962 /EcoRI Genotypes A A B B B A A B F2 纯合度＝1-(1/2) 8 = 99.61% F2 F3 F4 F8 9 10 A B P1 X P2 F1 A: B =1: 1 A B 200 A 18 基因型的读数(score) : 1-亲本1的纯合基因型(aa ) 3-亲本2的纯合基因型(bb) 0-缺资料 P1 P2 1 3 1 3 0 RIL 19 群体的特点: 优点： . 永久性群体，可重复使用； . 以品系作为分离单元，表现型鉴定较可靠； 缺点： .