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⽣物信息学论⽂ ⽣物信息学课程论⽂⼀个⽟⽶ Mlo 基因的电⼦克隆与⽣物信息学分析 姓名： 学号： 班级：⽣科2班 ⼀个⽟⽶ Mlo 基因的电⼦克隆与⽣物信息学分析 摘要：Mlo 基因家族在植物抗病⽅⾯有极⼤的优势，但有些 Mlo 基因的功能还未知。经序列拼接电⼦克隆得到 1 个⽟⽶的 Mlo 基因，采⽤⽣物信息学⽅法预测分析了编码蛋⽩的⼀、⼆、三级结构，并对其功能进⾏了预测。结果表明：⽟⽶ Mlo 基因编码 的蛋⽩有⼀个保守的 DUF1084 结构域，此结构域功能在植物中尚未知。⽣物信息学分析表明，此蛋⽩很可能是⼀种类似于 G 蛋⽩偶联受体的膜结合转运蛋⽩⽽参与到信号传递过程中。 关键词：⽟⽶；Mlo 基因；电⼦克隆；⽣物信息学 植物在长期的⽣物进化中形成了⼀系列复杂⽽严密的防御机制，使⾃⾝免受病原物的侵害[1，2]。抗病基因是植物防御体系中 的最重要组成部分。Mlo 基因最初在⼤麦中被发现，这类基因在植物中编码⼀个七次跨膜结构域的蛋⽩家族，可能起到与 G 蛋 ⽩偶联受体(G Protein Coupled Receptor，GPCR)类似的功能。他们的拓扑结构、亚细胞定位和序列多样化与动物和真菌的 G 蛋⽩偶联受体很相似。野⽣型 mlo 基因赋予⼤麦对⽩粉菌的⼴谱抗性[3]。⽩粉病是由⽩粉菌引起的真菌性病害，⽩粉菌能侵染 650 多种单⼦叶植物和 9 000 多种双⼦叶植物[4，5]。⽬前已对拟南芥、⽔稻和杨树中的 Mlo 基因家族有深⼊的研究[6]。 电⼦克隆法是近年来基于表达序列标签(Expressed Sequence Tag，EST)和基因组数据库发展起来的基因克隆新型技术[7]，具 有效率⾼、成本低、对实验条件要求低等特点。因此可以快速获得⼀些新基因，从⽽使新基因的应⽤成为可能。挖掘⽟⽶中未 知的抗病基因对⽟⽶的抗病育种有很⼤帮助。本研究以⽟⽶为材料，对其中的⼀个 Mlo 基因进⾏电⼦克隆，并对其进⾏部分⽣ 物信息学⽅⾯分析，为⽟⽶ Mlo 基因的应⽤及⽟⽶的抗病育种提供理论依据。 1 材料与⽅法 1.1试验材料 来⾃ National Center for Biotechnology Information(NCBI)的蛋⽩及核酸数据库。 1.2⽟⽶ Mlo 基因的电⼦克隆 根据 GenBank 上公布的⽔稻 Mlo 基因序列 (Os01g54784.1)，通过 NCBI 的 tblastn 得到⽟⽶的 EST 序列 (GenBank 登录号分 别为EE177882.2，DV523805.1，EB163548.1，EB163379.1)，经序列拼接后利⽤NCBI 的 ORF Finder 得到⽟⽶ Mlo 基因的 cDNA 序列。 1.3⽟⽶ Mlo 基因的⽣物信息学分析 利⽤来⾃⽣物信息学数据库和互联⽹上的软件进⾏分析[8，9]。⽤Protparam 分析蛋⽩的⼀级结构及其等电点、分⼦量和半衰 期；⽤ TMHMM2.0 Server 进⾏跨膜结构域分析；⽤ Predictprotein 和 SOPMA 预测其⼆级结 构和疏⽔性；⽤ TargetP 进⾏导肽分析；⽤SignalP 3.0 Server 进⾏信号 肽分析；⽤ Protfun 2.0 Server 分析蛋⽩质功能；⽤ CPHmodels- 3.0 Server 预测其三级结构。 2 结果与分析 2.1 ⽟⽶ Mlo 基因的电⼦克隆及蛋⽩翻译 ⽟⽶ EST 序列经序列拼接后得到 Mlo 基因的全长及翻译蛋⽩如下： Mlo 基因的 cDNA 为： ATGGGCCGCTACGGGCCCTTCCCTGCCGCCGCCGGTGATGGCGGGGGCTGCCTGCCCCTGCCGATTGTA GCGGCTGAAGGCGCGCTGGCTGTCCTGGACGGCGCCATTGCGACCGCGGCCTTCGTGCAGTTAGCAAGG ATTCATAGGCACAACCAGCTACAAGGATGGACTCGGCAAAAGATATTCCATTTTATGATTGGTCTATCA AACATAGTATTCCTAGTATATTTCGTGTCTACCATCATTGCTACTTGTCAGAGATGGATTTGCTGGGTA CATGGATGTGGATTTGTTCTCATGGCTAGTCCACAGATATTGCTTCTTGCTTCTTTCCTCTTGCTACTG TCATTCTGGGTTGACCTGTGTCATCAGACAAATGATGAAGACGAAGAAGATGGAAGGAGTCAGAGTCAC CATGAAGCTTTACTAGACAGAACAAAAGCGAAACCTGGCATTCATCCTGT