生物信息学期末考试总复习 .pdfVIP

2、序列比对的类型 ①全局序列比对 定义 ：在全局范围内对两条序列进行比对打分的方法。 适合于非常相似且长度近似相等的序列。 ②局部序列比对 定义 ：一种寻找匹配子序列的序列比对方法。 适合于一些片段相似而另一些片段相异的序列。 4、ployA ：转录终止信号序列，AATAA，称为多聚腺苷酸信号； 5、SNP ；单核苷酸多态性； 6、BLAST ：基本局部比对搜索工具，用于相似性搜索的工具，对需要进行检索的序列与数据库中的每个序列做相似性 比较。 5、序列相似性比较：将待研究序列与 DNA 或蛋白质序列库进行比较，用于确定该序列的生物属性，也就是找出与此序列 相似的已知序列是什么。完成这一工作只需要使用两两序列比较算法。常用的程序包有 BLAST 、FASTA 等； 7、空位（gap ：在序列比对时，由于序列长度不同，需要插入一个或几个位点以取得最佳比对结果，这样在其中一序 列上产生中断现象，这些中断的位点称为空位。 8、空位罚分：空位罚分是为了补偿插入和缺失对序列相似性的影响，序列中的空位的引入不代表真正的进化事件，所 以要对其进行罚分，空位罚分的多少直接影响对比的结果。 9、多序列比对：通过序列的相似性检索得到许多相似性序列，将这些序列做一个总体的比对，以观察它们在结构上的 异同，来回答大量的生物学问题。 1、分子钟：认为分子进化速率是恒定的或者几乎恒定的假说，从而可以通过分子进化推断出物种起源的时间。 2、系统发育图 ：用枝长表示进化时间的系统树称为系统发育图，是引入时间概念的支序图。 4、最大似然法（ML ：它对每个可能的进化位点分配一个概率，然后综合所有位点，找到概率最大的进化树。最大似 然法允许采用不同的进化模型对变异进行分析评估，并在此基础上构建系统发育树。 5、开放阅读框 （ORF：开放阅读框是基因序列的一部分，包含一段可以编码蛋白的碱基序列。 6、.密码子偏好性（codon bias ：氨基酸的同义密码子的使用频率与相应的同功 tRNA 的水平相一致，大多数高效表达的 基因仅使用那些含量高的同功 tRNA 所对应的密码子，这种效应称为密码子偏好性。 8、序列比对（alignment：将两个或多个序列排在一起，以达到最大一致性的过程（对于氨基酸序列是比较他们的保守 性，这样评估序列间的相似性和同源性。 9、多序列比对（multiple sequence alignment ：三个或多个序列之间的比对，如果序列在同一列有相同结构位置的残 基和 （或祖传的残基），则会在该位置插入空位。 2、相似性(similarity) ：指一种很直接的数量关系，比如部分相同或相似的百分比或其它一些合适的度量。比如说，A 序列和 B 序列的相似性是 80 ％，或者 4/5 。这是个量化的关系。当然可进行自身局部比较。 3、同源性(homology)：指从一些数据中推断出的两个基因或蛋白质序列具而共同祖先的结论，属于质的判断。就是说 A 和 B 的关系上，只有是同源序列，或者非同源序列两种关系。而说 A 和 B 的同源性为 80 ％都是不科学的。 4、相似性和同源性关系：序列的相似性和序列的同源性有一定的关的系，一般来说序列间的相似性越高的话，它们 是同源序列的可能性就更高，所以经常可以通过序列的相似性来推测序列是否 同源。正因为存在这样的关系，很多时 候对序列的相似性和同源性就没有做很明显的区分，造成经常等价混用两个名词。所以有出现 A 序列和 B 序列的同 源性为80%一说。 6、CpG 岛：常位于真核生物基因转录起始位点，GC 含50% ，长度200bp 的一段 DNA 序列。 7、电子克隆：基于表达序列标签 EST 和基因组数据库发展起来的基因克隆技术，运用生物信息学知识和计算机技术对EST 或基因组数据库进行同源性比较分析，然后拼接出基因的编码序列。 8、基因芯片 (gene chip)就是将大量探针分子固定于支持物上，根据碱基互补配对原理，与标记的样品分子进行杂交，通 过检测杂交信号的强度及分布进而获取样品中靶分子的数量和序列信息。 1 1、可变剪切：又叫选择性剪切（Alternative splicing, AS ，生物的基因序列包含了外显子（exon 和内含子（intron，两者相互间隔。在 mRNA 前体的剪接过程中，参加剪接的外显子可以不按其线性次序剪接，内含子也可以不被切除而保留，即一个外显子或内含 子是否出现在成熟 mRNA 中是可以选择的，这种剪接方式称为选择性剪接。 2、高通量测序：高通量测序技术（High-throughputsequencing ，HTS ）是对传统 Sanger 测序（称为一代