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生物信息学答题卷 考题一：到蛋白质序列数据库中查询一条杆状病毒(Baculovirus)DNA 聚合酶（DNA polymerase) 的完整序 列，写出序列名称、登录号及来源物种的分类情况，然后用 Blast （注意：写出所用程序及所搜索的数据 库名称）搜索到数据库中和它相似程度较高的 10 条序列（写出这些序列的名称和登陆号及来源物种的分 类情况。要求至少包括 3-4 个属，每个属中选择 1-2 个种），对这 10 条序列进行多序列比对后（写出比对 所用程序及比对结果），使用phylip 软件，用距离法对它们进行分子进化分析(包括对进化树进行统计评估)， 说明这种蛋白质的进化历程（60 分）。 答：（1）到蛋白质序列数据库中查询一条杆状病毒(Baculovirus)DNA 聚合酶（DNA polymerase) 的完整序 列如下： 完整序列（ORIGIN）： 1 mastdsldtr tfdyasdssf eviiitnaph dydgyielga aarllapfqk nisalwtnaa 61 pshkltrnnk nylhvfglfk ylqnynlntk khppeyytik svicdlmmga qgktfdplce 121 iktqlcaiqe slneaivtln ghaaadpapr tearelvesl hseyskkltf atdtildhvk 181 sikdlvclnk 序列名称: capsid protein [Choristoneura fumiferana MNPV] 即：云杉卷叶蛾(虎尾松卷叶蛾)颗粒体病毒 具体信息：LOCUS NP_848433 190 aa linear VRL 06-MAY-2009 登录号 (ACCESSION): NP_848433 来源物种的分类情况 SOURCE Choristoneura fumiferana MNPV ORGANISM Choristoneura fumiferana MNPV Viruses; dsDNA viruses, no RNA stage; Baculoviridae; Alphabaculovirus. FEATURES Location/Qualifiers source 1..190 /organism=Choristoneura fumiferana MNPV /db_xref=taxon:208973 /country=Ireland （2 ）然后用Blast 搜索和它相似程度较高的 10 条序列如下： 说明： 所用程序:blosum62 所搜索的数据库名称:swissprot 数据库中和它相似程度较高的 10 条序列 1、RecName: Full=Capsid protein p24 名称：RecName: Full=Capsid protein p24 LOCUS VP24_NPVOP 192 aa linear VRL 11-JAN-2011 登录号：P24078 来源物种的分类情况： SOURCE Orgyia pseudotsugata MNPV ORGANISM Orgyia pseudotsugata MNPV Viruses; dsDNA viruses, no RNA stage; Baculoviridae; Alphabaculovirus. FEATURES Location/Qualifiers source 1..192 /organism=Orgyia pseudotsugata MNPV /host=Orgyia pseudotsugata (Douglas fir tussock moth) /db_xref=taxon:262177 2