系统生物学转录组学与研究.pptVIP

miRNA的加工成熟过程与RNAi技术中常用的siRNA有许多相似之处——均经过Dicer酶对双链RNA的识别加工而形成单链RNA分子。 本文档共49页；当前第30页；编辑于星期二\5点12分 miRNA siRNA 产生 细胞内RNA的固有组分之一（正常） RNAi的活性形式，病毒感染和人工插入dsRNA之后诱导而产生（异常） 来源 内源转录本 转基因或病毒RNA（外源） 直接来源 发夹状pre-miRNA 长dsRNA 结构 单链 双链，3‘端有2个非配对碱基，通常为UU 互补性 不完全互补，存在错配现象 完全互补 对靶RNA特异性 相对较低，一个突变不影响miRNA的效应 较高，一个突变即引起RNAi沉默效应的改变 途径 miRNA途径 RNAi途径 对RNA的影响 在RNA代谢的各个层面进行调控 降解靶mRNA 功能 调节内源基因的表达，在蛋白质合成水平发挥作用，与mRNA的稳定性无关 抑制转座子活性和病毒感染，在转录后水平发挥作用,影响mRNA的稳定性 miRNA与siRNA的区别 本文档共49页；当前第31页；编辑于星期二\5点12分 microRNA研究的兴起与发展 miRNA发展中 遇到的问题： 在各种生物中寻找 miRNA 发现miRNA的靶基因 揭示miRNA的功能 miRNA？ 目前靶基因检测 工作成为miRNA 功能研究的瓶颈 本文档共49页；当前第32页；编辑于星期二\5点12分 miRNA的获取 miRNA 分子的序列短小 1）在基因组中存在较多的互补序列 2）在不同生物体内与靶基因结合的方式也不尽相同 3）通常与多种蛋白相互作用 这使得建立一个有效而且普遍适用的研究方法异常困难。 #到目前为止,miRBase上公布的miRNA总数将近3 000种。 #现在已知靶基因的miRNA多是通过基因克隆和生物信息学筛选的方法发现的。 本文档共49页；当前第33页；编辑于星期二\5点12分 miRNA的获取——系统生物学筛选 　随着生物全基因组测序的完成,利用计算机对基因组序列进行搜索可以大大提高miRNA的鉴定效率。所以,人们根据目前已知的miRNA基因序列总结它们的特征和规律,编写了一些计算机程序,通过对生物基因组数据库进行搜索,可以找到那些可能为miRNA的基因序列,然后通过Northern blotting来筛选真正的miRNA 基因。 生物信息学方法是依据在不同的物种中，其成熟的miRNA 具有较大的序列同源性以及前体的茎环结构具有相当大的保守性这一特征在基因组数据库中搜索新的miRNA 基因。该方法根据比较基因组学原理并结合生物信息软件在已测序基因组中进行搜索比对，根据同源性的高低再进行RNA二级结构预测，将符合条件的候选miRNA与已经通过实验鉴定的miRNA分子进行比较分析，最终确定该物种miRNA的分布及数量。近年来随着miRNA预测方法的不断发展，人们发现的miRNA数量呈几何级数增长。这些预测方法从简单的序列比对搜索发展到现在的机器学习算法，程序设计越来越智能化，复杂化。 本文档共49页；当前第34页；编辑于星期二\5点12分 miRNA的获取——系统生物学筛选 系统生物学手段可以说是一种更高通量的方法。通常有以下几种方法: ①miRscan是一种基于二级结构的预测程序,通过扫描两种系之间是否存在同源的茎环结构, 应用于检测脊椎动物和线虫的候选基因。 本文档共49页；当前第35页；编辑于星期二\5点12分 优选系统生物学转录组学与研究 本文档共49页；当前第1页；编辑于星期二\5点12分 蛋白质编码基因数量 人： 30,000 果蝇和线虫：12,000-14,000 酿酒酵母： 6,200 假单孢菌： 5,500 人和鼠的蛋白质编码基因99%是共同的。 人个体间单倍体基因组的碱基差异300万个，其中1万个（0.3%）出现在蛋白质编码基因中。 98%转录产物是非编码蛋白RNA。 2倍 2倍 本文档共49页；当前第2页；编辑于星期二\5点12分 RNA的分类 细胞核和胞液 线粒体 功能 核蛋白体RNA rRNA mt rRNA 核蛋白体组成成分 信使RNA mRNA mt mRNA 蛋白质合成模板 转运RNA tRNA