02_二代有参转录组测序-高级分析.pptxVIP

有参考基因组RNASeq—高级数据分析上海派森诺生物科技股份有限公司王玲平生物信息分析工程师wanglp@

CONTENTS目录1表达模式2差异表达分析6可视化5富集分析24网络分析3聚类分析

表达模式13

表达量的可视化4IGVAvadisGoldenHelixUCSCEnsemblNCBIGbrowseJBrowse

5表达量的可视化--circos

差异表达分析26

差异表达基因的可视化7

8外显子差异表达分析--DEXSeq

9转录本差异表达分析--cuffdiff

聚类分析310

聚类分析按照样品内在的相似性计算相互距离远近层次化聚类（Hierarchical）划分式聚类（Partitional）基于密度和网格（Density,Grid）其他(Other)不同的聚类手段结果大相径庭什么是好的聚类结果？最符合你实验的那个11

聚类分析距离（相似度测度，SimilarityMeasurement） 距离计算是聚类的第一个问题，我如何判断两个样品（向量）的距离？ n阶对称矩阵实际情况要复杂的多：各维向量分布不一、量纲不一、存在相关性等等。我们常用PearsonDistance（线性相关）结果：获得距离矩阵（样品两两间的距离）闵氏距离欧氏距离（Euclideandistance）两点间距离曼哈顿距离（City-blockdistance）两点间直角距离切比雪夫距离(Chebychevdistance)两点间相邻单位距离12

聚类分析层次聚类方法最短距离聚类法(singlelinkage)难以处理噪声、孤立点最远距离聚类法(completelinkage)噪声、孤立点不敏感，易分裂大类平均法(averagelinkage)重心法(centroidlinkage)…划分聚类方法k-means 需要给定几个点，围绕这几个点聚类，聚完后算聚类质心，再按这个质心聚类，反复直至收敛13

聚类分析距离树两组（样品）之间的距离相等14

热图右图中间的部分，首先通过不同的颜色深浅表示不同样品各自基因的表达量，所谓热图（HeatMap）。样品基因模块（分支）基因树标注样品树表达量矩阵15聚类分析

聚类分析常用软件CLUSTER3.0http://bonsai.hgc.jp/~mdehoon/software/cluster/software.htmJavaTreeView/其他包括商业软件SPSS、SAS等以及免费的软件R语言等CLUSTER3.0+JavaTreeView为生物信息学分析设计的，在linux和windows下都可以使用16

聚类分析—R语言包17Heatmap.2pheatmap

基因表达趋势分析182675个表达差异基因软件：MeVeditionK-means聚类算法10个cluster获得基因动态表达模式18

网络分析419

共表达网络分析（WGCNA)生物体的基因相互作用网络符合无尺度网络特质，即：大部分基因与其他基因的关系较少极少基因处于关键节点位置对随机节点的攻击不敏感对关键节点的攻击较敏感目前用一种修正的模型（Approximatescalefreetopology）来描述基因互作网络，与实际生物学现象符合的比较好。20

WGCNA分析流程获得表达量数据（高通量测序或者芯片）一致性分析（皮尔逊距离或者其他方法）获得相关性矩阵通过阈值构建无权网络或者通过邻接函数构建加权网络21

WGCNA分析流程聚类以获得表达量紧密联系基因模块（eigengene）模块用不同颜色在图上绘制可加入表型数据以观察某个表型与模块的相关性22

WGCNA分析流程最后可以观察所有模块与表型之间的关系23

WGCNA可视化结果24

PPI网络EMBLSTRING9.1http://string.embl.de/25

Cytoscape26

富集分析527

功能富集分析28

基因集富集分析29精选含有生物学意义的MolecularSignaturesDatabase所有基因按表达量排序选择某类基因（基因集）从头到尾搜索排序遇到该类基因加分，否则减分计算、画图

30基因集富集分析

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