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自主绘制高逼格KEGG通路图的方法

方法一：

登录网站，点击Retrieve/IDmapping按钮，跳转新界面。

将Excel表里面GeneSymbol基因拷贝至Provideyouridentifiers下面的输入框中。

接着分别设置selectoptions下面三个为Genename、UniProtKB、Homosapiens(Human)[9606]，然后点击submit按钮，可跳转新页面显示转换的结果。

左方导航栏里点击Reviewed的按钮，右方表格上方有Download按钮，将格式改为Excel，点击Go下载表格。

将压缩包解压后，打开Excel表，将转换后的网页第二列即Entry这一列拷贝到原来的excel表里面。

然后打开KEGG官网www.kegg.jp，在KEGG首页，点击KEGGMapper。

在KEGGMapper页面点击SearchColorPathway。

将转换好的基因以及标记的颜色从Excel中黏贴至输入框中。一般设定用红色标记上调的分子，蓝色标记下调的分子，有特殊需要可以特殊标记。

然后设置其他参数，Organism-specific默认为hsa、OptionaluseofoutsideID选择uniprot、Includealiases勾上不变，最后点击下方Exec按钮。

在跳转的页面里，显示检索的结果，可以看到一共有138条通路被富集到了，这些检索的结果就是后续柱状图的素材来源。

点击信号通路，可进入通路图谱页面，这里可以打开参与通路分子最多的信号图谱看一下；

点击最末尾的数字，下方展开分子列表，如点击这里的“10”，显示参与这条通路的10个分子。

先将KEGGMapperSearchResult中的数据结果按分子数量整理一个表格，收集5-10个分子这个区间，一共有26个通路。

然后，在excel表里面进行数据转置，由竖行排列转置为横行排列。

打开prism8软件，选择column，然后点击Create按钮，

将横置后的数据拷贝至data1中，点击Graphs中的Data1，在跳出窗口中选择第4个选项，点击OK。

通过调节柱子颜色、X轴和Y轴长度和名称等个性化设置后，就可以获得好看的横向柱状图。

方法二：

将感兴趣的通路和基因整理成以下表格，第一列为基因名称（各种Id,symbol都可），后面几列为相对表达值。

而后，将预准备好的基因和表达水平从excel拷贝到txt文本，保存。

接下来，进入Pathview官网/，右上角注册后登录，如果有账号可以直接登录，没有账号的也可以直接点击QuickStart。

在新的页面中点击NewAnalysis，再点击GeneData右边的选择文件按钮，选择刚才保存的txt文件。

在新跳出窗口的左边选择前3个作为对照组，右边选择后3个作为实验组，点击close，如果点错了还能回去继续修改。

接下来GeneIDType格式选择uniprot，PathwaySelection选择Auto，点击Submit按钮；

等进度条走完，再点击AnalysisResultandlogs按钮，可以看到结果汇总有3条通路。

点击链接即可出现相应的通路图：PI3K-AKT通路、Apotosis通路、FocalAdhesion通路。

*至于为什么KEGGMapper检索出来有136条，而Pathview最终却只有3条通路，而且这3条归属于136条之内：这是由于数据库收录来源和算法不同等客观原因造成。