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《计算机辅助药物设计》实验教学大纲

实验一 5-HT3受体拮抗剂的研究——间接药物设计法一、实验学时：2学时

二、实验类型：专业三、实验目的与内容：

学习Tripos工作站的使用方法；

掌握SYBYL6.9软件的使用方法；

掌握间接药物设计方法。

四、实验所需仪器和试剂：Tripos工作站五、实验方法和步骤：

获取药物的5-HT3受体的活性值；

使用SYBYL6.9定义药物的分子结构；

定义药效基团并进行构象搜索；

重叠药物低能量构象；

受体映射即勾画出相应于重叠构象的包络面；

根据受体拮抗剂的药效基团模型进行药物设计。

实验二 HIV-PR抑制剂的研究——CoMFA与CoMSIA法3D-QSAR研究一、实验学时：2学时

二、实验类型：专业三、实验目的与内容：

学习Tripos工作站的使用方法；

掌握SYBYL6.9软件的使用方法；

掌握CoMFA与CoMSIA法的3D-QSAR研究方法。四、实验所需仪器和试剂：Tripos工作站

五、实验方法和步骤：

获取HIV-PR抑制剂结构式与活性；

使用SYBYL6.9构建HIV-PR抑制剂结构的分子结构；

对抑制剂结构进行构象搜索获得最低能量构象；

重叠最低能量构象；

对重叠构象进行CoMFA、CoMSIA分析，获取相关参数；

用PLS方法构建参数与活性的定量构效关系模型；

对模型进行分析并得出结论。

实验三 AChE抑制剂的研究与设计——QSAR研究和药物作用模型一、实验学时：2学时

二、实验类型：专业三、实验目的与内容：

学习Tripos工作站的使用方法；

掌握SYBYL6.9软件的使用方法；

掌握药物模型分析方法。

四、实验所需仪器和试剂：Tripos工作站五、实验方法和步骤：

构建石杉醇甲的单分子状态的构象；

搜索最低能量构象；

推断出配基活性构象并对接于AChE的受点；

搜索复合物最低能量的活性构象；

计算分子构象相关的量子化学参数；

用PLS方法建立量化参数与活性的定量构效关系模型；

对模型进行分析。

实验四 DHFR抑制剂的研究——受体受点确定的药物设计一、实验学时：2学时

二、实验类型：专业三、实验目的与内容：

学习Tripos工作站的使用方法；

掌握SYBYL6.9软件的使用方法；

掌握受体受点确定的药物设计方法。四、实验所需仪器和试剂：Tripos工作站五、实验方法和步骤：

获取靶酶的三维结构信息；

叠加受点；

以GRID程序计算得到受点的多变量特性因素；

用主成分分析PCA方法解释GRID的计算结果；

对PCA结果进行图形分析，得出受点结论。