生物信息学课件.pptVIP

生物信息学

课程内容1.?????引言/分子生物学数据库2.?????BLAST工具3.?????EST拼接和电子克隆4.?????序列对位排列5.?????分子进化根底6.?????分子系统发育分析方法7.?????基因组分析8.?????专题讲座〔6次〕9.开放讨论〔2次〕

什么是生物信息学？

Luscombe,N.M.etal.,2001.Whatisbioinformatics?MethodsofInformationinMedicine40:346-358.

数据挖掘(DataMining)关联Associating分类Classifying建模与模拟ModelingSimulating预测与检验PredictingTesting

发生在Wal*Mart的真实故事理念：相关联的货物最好摆在一起问题：啤酒和什么货物关联？可能的答案：花生米？红肠？……从上百万张收银单获得的答案：尿布！

数据仓库(DataWarehouse)和数据挖掘(DataMining)

数据挖掘

流感的预测〔网上数据挖掘〕

具体方法AutomatedqueryselectionprocessComputationandpre-filteringConstructingtheILI-relatedqueryfractionFittingandvalidatingafinalmodelState-levelmodelvalidation

Bioinformatics〔CABIOS〕OxfordUniversityPress

MPSS

://.

DomainInformation界面

分子生物学数据库

NCBINationalCenterforBiotechnologyInformation:///全球最大的生物信息资源中心DNA序列、蛋白质序列、出版物、数据挖掘工具等

NCBI主页

EMBnet

北京大学生物信息学效劳器

BioSino

基因组信息资源GenBank(:///)DDBJ(:///)EMBL(/)

DDBJ

EMBL(Germany)

EMBL-EBI(UK)

蛋白质信息资源PDB(:///)PIR(:///)SWISS－PROT(:///)TrEMBL(:///)NRL-3D(:///)

密苏里植物园主页PDB

密苏里植物园主页PIR

密苏里植物园主页Swiss-ProtTrEMBL

密苏里植物园主页NRL-3D

NAR

NucleicAcidsResearch(分子数据库专集)

NucleicAcidsResearch(效劳器专集)

Transposons:MobileGeneticElementsBarbaraMcClintockchromosomeTransposonGene基因TransposonTransposonMutantGeneTaggedInsertionalMutagenesisTransgenesisTransposon

EfficientTranspositionofpiggyBac(PB)TransposoninMiceAct-PBase+MammalianPBsystem(Dingetal.Cell2005)PB[RFP]PBaseMothpiggyBac(Caryetal.Virology1989)

MorphologyMutantsWTMutantWT“Sandy”

://,:///.

INSERT界面

MP-PBmice(insertionalmutationsmappingsystemofPBmice)ExperimentalProcedureFlowproduction

Access-controlTableExperimentalStageTableConstantTableStatusTable

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InformationonrelationsbetweenmoleculesGenomesGenesPathwayOrthologsExpressionSequencesimilarityChem