生物电镜平台电镜集群用户操作手册.pdfVIP

生物电镜平台电镜集群用户操作手册

一，电镜集群用户计算资源配置

1，管理/登录节点

ip：10.15.56.103

登录方法：

打开terminal终端软件，windows电脑推荐使用MobaXterm，mac

或linux电脑使用自带terminal

通过云桌面登录：ssh账号@10.15.56.103

通过校园网登录：ssh账号@10.15.56.103–p10086

注意事项：

管理节点上

允许:

浏览/移动/拷贝/编辑文件

编辑作业脚本

通过Slurm提交作业

检查作业状态

不允许：

运行作业

多进程下载大量数据

2，计算节点

CPU节点：80个，

每节点两个cpu，每节点含28个核

每20个节点分为一个队列，分别为cpu-1，cpu-2，cpu-3，cpu-4

GPU节点：8*4卡P100节点6*4卡P40节点。

P100卡的前6个节点为GPU-A队列，后两个节点分别为

cryosparc-1与cryosparc-2队列。

P40节点为GPU-B队列。

FAT节点：一个，

64核，2TB内存

队列名FAT

二，修改账户密码的方法：

为了安全考虑，用户在集群上的账户在首次登陆之后应该及时修改密码，

修改密码的方式：

云桌面平台方式：

登录电镜平台云桌面，账户是默认的，不需用户修改，密码是Abc123！

进入云桌面系统后点击浏览器，并输入管理节点ip：10.15.56.103

点击详细信息：

点击继续转到网页，出现以下CHESS系统登录界面：

输入集群的用户账户以及密码，进入chess管理网页，在右上角账户下面选

择修改密码，进行密码修改操作：

三，用户提交作业方式

提交作业分为三种方式：CHESS平台提交、终端文本提交、应用软件UI

界面提交。首先无论以何种方式提交作业，应用软件必须先安装在集群上。

下面针对三种方式进行详细描述：

CHESS平台提交作业

1.1使用云桌面打开浏览器，输入进入登录页面，输入账户名及密码

1.2新建作业，点击“作业调度”—“作业”—“新建作业”

1.3查看作业

1.4删除作业

终端文本提交

2.1登录终端，使用mobaxterm选择ssh然后使用个人的账户登录

集群管理节点

2.2编写提交脚本，脚本名称可以自定义，这里使用1.slurm

脚本内容为：

#!/bin/bash

#SBATCH-Jtest###指定作业名称

#SBATCH-pGPU-A###指定队列名称

#SBATCH-thh:mm:ss###指定本次作业运行的最大时长

#SBATCH--gres=gpu:tesla:x###指定使用gpu的个数，x为数字

#SBATCH-nx###指定使用的核数

#SBATCH-Nx###指定使用的节点数

#Command

Mpirun-nx--machinefile./relion

2.3提交作业

sbatch1.slurm

输出信息为：

2.4查看作业，根据上面的输出查找对应的jobID

squeue

2.5查看作业详情

scontrolsh