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绵羊全基因组编码区功能性SNP的挖掘及验证

绵羊(Orisaries)是最早被人类驯化的家养动物之一，经过长期的自然和人工选择，

在世界范围内形成了约1,400个种质特性丰富的地方品种和培育品种，不仅为人类提供肉、

毛、皮和奶等重要的生活资料，还是人类社会发展和文化传播的重要组成部分。绵羊品种

按照经济类型可分为肉、毛和奶等专门化品种，以及肉毛兼用和毛肉兼用型品种等，各品

种无论是在体型外貌、环境适应还是生产性能等方面均存在明显的差异。近年来，随着分

子遗传学、分子生物学尤其是基因组学技术的发展，利用候选基因法、QTL定位、全基因

组关联分析(GWAS)以及选择信号等手段，在绵羊品种特性的遗传基础方面取得了巨大进

展，获得了大量的经济性状主效基因和分子标记，并应用于标记辅助选择。但由于绵羊品

种数量众多、分布广泛且生产性能数据获取和收集困难，目前鉴定的与种质特性相关的功

能性原因突变较少，尤其是品种生产性能或适应性等相关的位点。重测序技术能够有效检

测出全基因组范围内的单核苷酸多态(SNP)、插入与缺失(InDel)、拷贝数变异(CNV)

和结构变异(SV)等变异信息，其中，SNP是生物基因组内最丰富的遗传变异类型，通常

为二等位多态性且易于检测。

本研究以世界范围内的86个家养绵羊品种677个个体为研究对象，采用基因组重测序、

生物信息学分析和基因编辑等技术，对家养绵羊全基因组SNP进行了挖掘与注释，统计并

分析了编码区功能性SNP位点的数量与分布，并选取了FGF5基因内功能性SNP进行敲

除与验证，获得了如下结果：

（1）通过对10只小尾寒羊进行全基因组重测序，共获得高质量CleanData348.25Gb，

个体平均测序深度为10.89×，平均比对率为99.77%。

（2）以绵羊基因组Oar_rambouillet_v1.0版本为参考基因组，构建了包含86个家养绵

羊品种677个个体的SNP和InDel遗传变异数据库，品种来源的地理位置包括亚洲、非洲、

欧洲、美洲和大洋洲。

（3）通过SNP提取和过滤，在绵羊26条常染色体上共获得41,466,519个双等位基因

SNP位点，其中1号染色体上的SNP数量最多，为4,703,059个；26号染色体上的SNP数

Ⅰ

量最少，为790,471个。

（4）所有SNP经NCBI和Ensembl两个数据库注释后取交集，在677个个体的编码

区共获得877个无义突变和88,513个错义突变位点；经Ensembl数据库(release109)VEP

预测，错义突变中包含有害突变25,781个，其中54.48%的有害突变位点最小等位基因频

率（MAF）小于0.01。

（5）25,781个有害错义突变位点共注释到9,436个基因；877个无义突变共注释到

724个基因。将注释到的所有候选基因与动物孟德尔遗传数据库中的已知基因取交集，共

获得311个与动物生产性能以及疾病相关的基因，其中包括与产毛性状（FGF5、DSG4、

MLPH和MC1R等）、生长发育（MC4R、LMBR1、GRM1和PTEN等）、肉质（COL9A2、

BMPR1B、GYS1和GHR等）和繁殖性状（APAF1、PTEN和TSHR等）等相关的基因。

（6）针对注释到FGF5基因的3个有害错义突变位点（6:105914565、6:105922731和

6:105935295），在39个品种605个个体中进行等位基因频率和基因型频率分析，结果表明

FGF5基因的6:105922731位点在瓦莱黑鼻羊中等位基因T的频率为1，即所有个体均为

TT纯合子；在瓦莱红头羊品种中T等位基因的频率为0.9167，即6个个体包含1个突变

杂合子和5个突变纯合子。

（7）应用CBE基因编辑系统，获得了6:105922731(FGF5，c.434CT)错义突变位点

定点修饰小鼠，表型观察以及毛发长度测量结果显示，野生型(CC)和突变杂合子(CT)

的被毛长度没有差异，但两者与突变纯合子(TT)相比差异均显著，表明该基因c.434CT

位点与小鼠的毛发长度相关，且呈隐性遗传模式。