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《基于质谱的定量蛋白质组技术规程》编制说明

一、工作简况

1、任务来源

本标准基于卫健委/科技部国家重点研发计划《医学生命组学数据质量控制关键技术

研发与应用》（2018YFC0910200，2018年立项，2021年结题）和广东省重点领域研发计划

《多组学整合技术研发及标准化组学数据质量控制技术的推广应用》（2019B020226001，

2019年立项，2022年结题）两个项目的研究成果，本标准由深圳承启生物科技有限公司于

2023年9月提出申报，根据中国国际科技促进会标准化工作委员会[2023]中科促标字第982

号文件：关于开展《基于质谱的定量蛋白质组技术规程》团体标准立项通知，正式确立立

项，本项目计划编号为：CI2023419。

2、目的和意义

质谱是目前蛋白质组学研究的主流技术，可以一次性分析复杂样品中上万种蛋白质。

但质谱的重现性一直是一个很大的问题。同一个样品做两次质谱实验，鉴定到的蛋白质都

有较大的不同，重现性（即两次都能鉴定到的蛋白数量占总鉴定数的百分比）一般只能达

到65-85%。2017年《NatureCommunications》上的一篇文章指出(Collinsetal.,

NatureCommunications)，只有约一半的蛋白质能在SWATH（SequentialWindowed

AcquisitionofallTheoreticalfragmentions,SWATH）质谱技术中被重复鉴定到，

而SWATH已经被认为是重现性相对较高的质谱技术了。《Science》曾组织专题研讨会讨论

如何提高质谱的重现性，指出现有质谱的重现性远远不能满足生物标志物的要求。重现性

问题如果不能得到很好的解决，那么基于质谱的生物标志物发现及临床应用将十分困难。

对于定量蛋白质组学研究，因为样品制备流程、质谱平台和分析流程常常不一致，加大了

蛋白质组学在精准医学中的应用难度；此外，Hela细胞蛋白酶解的标准品作为一种高度验

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证的哺乳动物蛋白消化物，可用作复杂蛋白质组学样品的质谱分析的质控样品被人们广泛

使用。然而Hela细胞因其存在超强的种内污染和种间污染而存在广泛争论。基于以上领域

内存在的诸多问题，我们利用多组学技术手段评估并开发出一种或多种可作为蛋白质组标

准品的细胞株，并以此制定蛋白质组标准操作流程供行业内流通使用。

目前国内外均无相关的标准流程，各蛋白质组学研究单位处于各自为战的状态。流程

不通用，结果不可比。

本标准对样品采集、处理、运输、质控和检测以及数据产生、质量评估和数据分析全

流程进行标准化和规范化。该标准的特点是：流程标准化，可应对各种类型样品蛋白质提

取和制备需求，同时保持结果的重现性，对样品保存运输的要求低；开发出了具有极高蛋

白质组稳定性且可稳定传代的蛋白质组标准品细胞株：MHCC97H，可用于监控实验流程或

校准仪器，该标准品已申请国家发明专利，具有完整自主知识产权。

3、起草单位

本标准负责起草单位：深圳承启生物科技有限公司。

本标准参加起草单位：暨南大学、华南理工大学、北京师范大学、中国科学院大连化

学物理研究所、福建农林大学、福建省妇幼保健院、上海易算生物科技有限公司、布鲁克

（北京）科技有限公司。

本标准主要起草人：张弓、陈洋、余卓、卢少华、赵晶、李亚星、范小路、杜红丽、

高友鹤、袁晓明、沈城频、王心睿、卢红、刘先明、杜萧贤。

参加单位工作分配：深圳承启生物科技有限公司负责标准方案的制定及网页发布；深

圳承启生物科技有限公司、暨南大学、华南理工大学、中国科学院大连化学物理研究所、

北京师范大学、福建农林大学、福建省妇幼保健院、上海易算生物科技有限公司和布鲁克

生物科技有限公司参与了标准方案的实验测试和质量评估；暨南大学、深圳承启生物科技

有限公司进行了标准起草和编制说明编写，其他参与单位对标准各个版本的全部内容提出

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编写和修改意见。

4、起草过程

4.1起草阶段

2019年1月至2019年6月，标准起草单位组织相关技术人员对标准项目进行了预研，课

题组成员广泛收集了国内外基于质谱的定量蛋白质组技术的应用现状及技术发展趋势相关

的标准、文献，了解了国内外相关技术动态，并且明确了工作思路和进程安排；

2019年7月至2022