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分子植物育种,2022年,第20卷,第23期,第7759-7769页
MolecularPlantBreeding,2022,Vol.20,No.23,7759-7769
研究报告
ResearchReport
石斛属叶绿体基因组密码子使用偏性及系统发育分析
王晓双杨芳罗茜刘映良朱斌*
贵州师范大学生命科学学院,贵阳,550025
*通信作者,zhugg130@126.com
摘要石斛(Dendrobium)是集药用与观赏价值于一体的珍贵中药材,为促进药用植物叶绿体基因工程的发
展,本研究利用CodonW、SPSSAU、CUSP以及MEGA7.0等软件对石斛属叶绿体基因组密码子使用模式以
及系统发育关系进行了分析。分析结果显示:31种石斛叶绿体基因组编码序列GC含量为37.90%~38.70%,密
码子第三位碱基GC3含量范围为26.10%~30.0%,说明密码子第三位碱基富含A和U;有效密码子数ENC
值为48.89~51.92,说明石斛属叶绿体基因组密码子偏好性较弱;对不同组的6种石斛进行绘图分析,表明石
斛属植物叶绿体基因组密码子使用偏好性主要受选择压力影响;以ENC值和RSCU值为参考标准,筛选出
的22个最优密码子中有17个以CU结尾。系统发育分析显示石斛属31个物种可聚为3大类,且鼓槌石
/
斛、竹枝石斛与同属的其他物种存在较远的亲缘关系。本研究旨在为石斛属植物分类鉴定、基因组密码子优
化及系统发育的相关研究提供依据。
关键词石斛属;叶绿体基因组;密码子偏好性;最优密码子;系统发育
AnalysisofCodonUsageBiasandPhylogeneticintheChloroplastGenome
ofDendrobium
WangXiaoshuangYangFangLuoXiLiuYingliangZhuBin*
SchoolofLifeSciences,GuizhouNormalUniversity,Guiyang,550025
*Correspondingauthor,zhugg130@126.com
DOI:10.13271j.mpb.020.007759
AbstractDendrobiumisapreciousChineseherbalwithbothmedicinalandornamentalvalues,topromotethe
developmentofchloroplastgeneticengineeringinmedicinalplants,characteristicsofcodonusageandphylogenet-
icanalysisinchloroplastgenomesofDendrobiumwasstudiedbyCodonW,SPSSAU,CUSPandMEGA7.0.The
resultsshowthattheGCcontentof31specieschloroplastprotein-codingsequenceis37.90%~38.70%,andthe
GC3contentofcodonrangedfrom26.10%to30.0%,indicating3rdpositionwasrichinAandU.Theaverage
rangeofeffectivenumbercodonwasfrom48.89to51.92,whichsuggestaweakcodonpreferenceamongthese
species.Theplotanalysisindicatingthecodonbiasinthechloroplastgenomewasmainlyaffectedbyselection
pressure.BasedonENCandRSCUvalues,17codonswereendwithCUamong22identifiedoptimalcodons.
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