石斛属叶绿体基因组密码子使用偏性及系统发育分析.pdf

分子植物育种，2022年，第20卷，第23期，第7759-7769页

MolecularPlantBreeding,2022,Vol.20,No.23,7759-7769

研究报告

ResearchReport

石斛属叶绿体基因组密码子使用偏性及系统发育分析

王晓双杨芳罗茜刘映良朱斌*

贵州师范大学生命科学学院,贵阳,550025

*通信作者,zhugg130@126.com

摘要石斛(Dendrobium)是集药用与观赏价值于一体的珍贵中药材，为促进药用植物叶绿体基因工程的发

展，本研究利用CodonW、SPSSAU、CUSP以及MEGA7.0等软件对石斛属叶绿体基因组密码子使用模式以

及系统发育关系进行了分析。分析结果显示：31种石斛叶绿体基因组编码序列GC含量为37.90%~38.70%，密

码子第三位碱基GC3含量范围为26.10%~30.0%，说明密码子第三位碱基富含A和U；有效密码子数ENC

值为48.89~51.92，说明石斛属叶绿体基因组密码子偏好性较弱；对不同组的6种石斛进行绘图分析，表明石

斛属植物叶绿体基因组密码子使用偏好性主要受选择压力影响；以ENC值和RSCU值为参考标准，筛选出

的22个最优密码子中有17个以CU结尾。系统发育分析显示石斛属31个物种可聚为3大类，且鼓槌石

/

斛、竹枝石斛与同属的其他物种存在较远的亲缘关系。本研究旨在为石斛属植物分类鉴定、基因组密码子优

化及系统发育的相关研究提供依据。

关键词石斛属;叶绿体基因组;密码子偏好性;最优密码子;系统发育

AnalysisofCodonUsageBiasandPhylogeneticintheChloroplastGenome

ofDendrobium

WangXiaoshuangYangFangLuoXiLiuYingliangZhuBin*

SchoolofLifeSciences,GuizhouNormalUniversity,Guiyang,550025

*Correspondingauthor,zhugg130@126.com

DOI:10.13271j.mpb.020.007759

AbstractDendrobiumisapreciousChineseherbalwithbothmedicinalandornamentalvalues,topromotethe

developmentofchloroplastgeneticengineeringinmedicinalplants,characteristicsofcodonusageandphylogenet-

icanalysisinchloroplastgenomesofDendrobiumwasstudiedbyCodonW,SPSSAU,CUSPandMEGA7.0.The

resultsshowthattheGCcontentof31specieschloroplastprotein-codingsequenceis37.90%~38.70%,andthe

GC3contentofcodonrangedfrom26.10%to30.0%,indicating3rdpositionwasrichinAandU.Theaverage

rangeofeffectivenumbercodonwasfrom48.89to51.92,whichsuggestaweakcodonpreferenceamongthese

species.Theplotanalysisindicatingthecodonbiasinthechloroplastgenomewasmainlyaffectedbyselection

pressure.BasedonENCandRSCUvalues,17codonswereendwithCUamong22identifiedoptimalcodons.