《医学分子生物学》讲义 基因组进化的模式.ppt

*破坏基因组共线性的因素转座插入染色体重排区段加倍和缺失*跨物种基因克隆------图位克隆(map-basedcloning)在基因组较小的模式植物中，分离被精确定位在大基因组中的基因避免大量重复序列的干扰，减少染色体步移的次数微观同线性并不如预期完美，被局部的插入、倒位和缺失所打乱，只在相当有限的距离内保持协同丢失和协同进化协同进化（coevolution）：两个相互作用的物种在进化过程中发展的相互适应的共同进化。一个物种由于另一物种影响而发生遗传进化的进化类型。协同进化是生物与环境的交互关系，是一种协同关系。昆虫会进化出特殊的结构（如蜜蜂足上的绒毛，采集蜜的小囊，蝴蝶的长长的卷吸式口器）来吸食花蜜，传递花粉。

花也会进化出特殊的结构（如花蜜在长形的花底部，蝴蝶用很长的口器可以吸到），来适应昆虫的传播和采蜜。

体现在分子水平上DNA和蛋白质序列的协同突变，也可以体现在宏观水平上物种形态性状、行为等的协同演化。

*13.4.2基因岛和基因协同进化基因岛：某些基因区段的基因密度远远高于全基因组的平均密度。sh2与A1两个基因在玉米中的距离大约是水稻或高粱中的7倍----基因岛中的基因群通常具有功能上的相关性协同丢失和协同进化13.4.3远缘物种中基因与调控序列的保守性直系同源集簇（clusteroforthologousgroups）由1个共同的祖先基因衍生的1组基因，包括不同基因组中执行同一生物学功能的种间同源物，也包括同一基因组中因基因加倍产生的种内同源物（平行基因）。预测新基因功能*直系同源集簇由1个共同的祖先基因衍生的1组基因，包括不同基因组中执行同一生物学功能的种间同源物，也包括同一基因组中因基因加倍产生的种内同源物（平行基因）预测新基因功能*比较基因组学研究举例原核模式生物比较基因组学酿酒酵母基因组人类基因组*模式生物比较基因组研究特点模式生物基因组一般都比较小，但编码基因的比例较高，重复序列和非编码序列较少，是“压缩”的基因组。模式生物基因组G+C%含量高，同时CpG岛的比例也比较高。一些模式生物，如人的基因组中发现了重复(duplication)。各种不同的物种中，大多数重要生物学功能是由相当数量的同源序列基因(Orthologous)蛋白承担。*模式生物比较基因组研究特点同线(synteny)连锁的同源基因在不同物种基因组中有相同连锁关系。生物体的复杂性一般表现在“生物学”的复杂性，与基因组的C值大小及基因数量未必一定呈线性关系。*模式生物基因组的研究尿殖道支原体是已知最小的基因组0.58Mb，由此可能确定能自我复制的细胞必需的一套最少的核心基因。流感嗜血杆菌的基因组为1.83Mb基因组大小影响了基因数目还是基因尺度？*模式生物基因组的研究流感嗜血杆菌基因大小平均900bp，尿殖道支原体的基因为1040bp，基因大小差不多；流感嗜血杆菌中平均1042bp有1个基因，尿殖道支原体中平均1235bp有1个基因。可见基因组尺度减小并不引起基因密度的增加和基因尺寸的减小。二者差别在于基因数量上，流感嗜血杆菌基因组有1743个ORF，尿殖道支原体只有470个ORF。*模式生物基因组的研究通过对尿殖道支原体与流感嗜血杆菌这两个亲缘关系较远的生物基因组的比较，选取其共同的基因（共240个），再加上一些其他基因，最后组成一套含256个基因的最小基因组。*最简单的真核生物--酿酒酵母基因组基因组为12,068kb，比单细胞的原核生物和古细菌大一个数量级。共有5887个ORF，比原核生物和古细菌要多很多。酿酒酵母的基因密度为1个基因/2kb，密度小于流感嗜血杆菌和尿殖道支原体。酿酒酵母--最小的真核基因组，裂殖酵母其次（密度是1/2.3kb），简单多细胞生物线虫的基因密度为1/30kb。酿酒酵母只有4%的编码基因有内含子，而裂殖酵母有40%编码基因有内含子。*人类基因组的一个片段**人类染色体组型上图显示的是经姬母萨染色后的G带模式图，染色体号在染色体结构下面标注，带号在左边。**人类基因组基因的三条推测依据

1.根据已测定大片段DNA中ORF的比例；

2.CpGisland的个数（56%的已知基因5都与CpG相连，而人基因组中有45000个Islands）

3.ESTs?已经报道的是第22染色体和第21染色体。第21染色体全长33.65Mb，长臂上有33.546Mb，仍有7个缺口，长约3kb，99.7%。

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