《医学分子生物学》讲义 基因组测序与序列组装.ppt

5）某些公司可能提出一些看似正当的理由，如工作环境不利于一些基因组顺序中存在某些“缺陷”的人员而拒绝他们的工作申请，尽管这些人员确有专长。6）已经确定婚姻关系的配偶双方或即将踏入婚姻之旅的恋人是否有权获知对方基因组中自己感兴趣的基因组成；7）社会如何对待那些被认为具有“暴力”倾向基因型的成员；8）雇员是否可以因为基因组“敏感”顺序而有权拒绝雇主或上级部门的工作调动与安排。随着基因组计划的深入，诸如此类的问题已经提上议事日程，如何处理这些问题是对人类智慧的考验。*原则：防止“遗传歧视”保护个人和家庭基因隐私美国能源部(DOE)和国家卫生研究院(NIH)从人类基因组计划(HGP)预算中提拨3%到5%的经费用于与基因有关的伦理、法律和社会议题的研究。**讨论1.例举第一代与第二代测序主要代表技术及其关键区别。2.图解作图法测序与全基因组鸟枪法测序，并阐述关键区别。3.新一代测序应用。*****利用长度不同插入子克隆两端测序搭建支架小鼠的基因组测序分别构建了插入6个插入片段不同基因组文库：2、4、6、10、40和150~200kb。*种不同生物基因组的测序大肠杆菌基因组测序作图法拟南芥基因组测序—作图法流感嗜血杆菌基因组测序鸟枪法果蝇基因组测序鸟枪法人类基因组测序作图法和鸟枪法水稻基因组测序作图法和鸟枪法4.3.3不同测序路线与序列组装策略比较*大肠杆菌基因组测序**流感嗜血杆菌基因组鸟枪法测序流程用于测序的流感嗜血杆菌基因组文库构建了两套基因组文库:1)1.6-2kb大小插入子基因组文库。2kb大小插入子可减少扩增时的变异率。此外2kb大小降低了克隆片段含有完整基因的可能性，有些完整基因的表达产物对宿主菌是有害的。2)15-20kb大小插入子文库，用于支架搭建。上述两套基因组文库的克隆测序均为两端测序。*流感嗜血杆菌基因组鸟枪法测序结果预测1)流感嗜血杆菌基因组总长:1.8Mb2)两端测序,每次有效的可读顺序为460bp,每个克隆为920bp.3)随机挑选质粒载体克隆9600个,两端测序共获得测序总长为8.84x106,覆盖面约5,P0=e-5=0.67%.4)预计丢失的顺序为Le-m=1.8Mbx0.0067=1.25x104bp.5)预计间隙长度为:L/n=1.8Mb/(9600x2)(L为基因组总长,n为测序数)=100bp.6预计间隙数为:1.25x104bp/100bp=128测序结果略高预计结果,42个物理间隙和98个顺序间隙*果蝇基因组测序染色体组成*果蝇基因组测序主要结果1)方法:鸟枪法（第一个完全采取鸟枪法完成基因组测序的真核生物）2)测序载体插入子(kb)测序次数可读长度(bp)覆盖面质粒(高拷贝)2.019034685707.3x质粒(低拷贝)10.012783865675.4xBAC130.0197385000.07x注:测序总长1.2x1010,组装后草图为116.2Mb.3)果蝇基因组总长180Mb,草图顺序占其2/3.其余顺序为异染色质区,约60Mb.因异染色质区重复顺序大而多,不能有效克隆或组装.4)果蝇基因组草图仍有1000个间隙.5)草图序列包含97.5%基因.*玉米基因组如何测序1)玉米基因组大小为2500Mb（2.5x109），约58%的序列是由逆转座子组成的重复序列，。2)虽然利用EST可从基因组中抽提出基因组序列，但因表达丰度过低或组织专一性表达的原因，ESTs库会丢失50%的基因成员。3)绝大多数逆转座子和非基因编码区都被甲基化，而95%的基因未甲基化。因此采用大肠杆菌McriA和McriB系统构建玉米基因组文库，用以富集基因序列。引自:Science302:2115-