北大、首都医科大联合开发癌症检测新技术 .pdfVIP

北大、首都医科大联合开发癌症检测新技术

来自北京大学、首都医科大学的研究人员报告称，他们开发出了一种称作为

MCTA-Seq（methylatedCpGtandemsamplificationandsequencing）的新方法，可

在全基因组范围检测肝癌循环游离DNA中的超甲基化CpG岛。这一重要的研究

成果发布在10月30日的《细胞研究》（CellResearch）杂志上。北京大学生命科

学学院的汤富酬研究员、黄岩谊研究员以及首都医科大学彭吉润教授是这篇论文

的共同通讯作者。

异常的DNA甲基化改变，包括CpG岛（CGIs）超甲基化及广泛低甲基化，

是包括肝细胞癌（HCC）在内的几乎所有人类癌症类型的标志性特征。检测循环

游离DNA（ccfDNA）中超甲基化的CpG岛成为了诊断、预测和监测癌症一种

有前景的非侵袭性方法。

然而由于ccfDNA高度碎片化，且癌症相关的ccfDNA只占总ccfDNA的小

部分，在技术上面临着极大的挑战。尽管新一代测序（NGS）技术在DNA甲基

化组分析方面取得了快速的发展，当前尚未有报道开发出ccfDNA超甲基化的全

基因组检测方法。尽管许多的全基因组方法，例如Infiniummethylationarray和

简化代表性重亚硫酸盐测序（RRBS）技术已成功用于分析细胞和组织样本。但

由于需要相对大量的DNA，且大小选择步骤不适合于严重碎片化的ccfDNA，阻

碍了这些技术应用于检测ccfDNA。

肝癌是全球最常见的一种致命恶性肿瘤。尽管早期HCC对治疗措施有反应，

当前的HCC肿瘤标记物如血清甲胎蛋白（AFP）缺乏足够的敏感性及癌症检测

特异性。

在这篇新文章中，作者们描述MCTA-Seq方法可以同时检测出ccfDNA中成

千上万超甲基化的CpG岛。只需7.5pg的基因组DNA，即2.5个拷贝的单倍体

基因，这一高度敏感的技术就可以起作用。他们分析了来自肝癌患者和对照受试

者的一组组织和血浆样本（n=151），在血液中发现了数十个高效的、检测小HCC

的标记物。在这些标记物中，有4个（RGS10，ST8SIA6，RUNX2andVIM）具

有癌症检测特异性，归类于新一组的另外15个标记物在正常肝组织中超甲基化。

结合建立的两个对应的分类器，研究人员以94%的敏感性和89%的特异性

检测出了肝癌患者（n=36）和包括肝硬化肝患者（n=17）及正常个体（n=38）

在内的对照受试者的血浆样本。值得注意的是，他们成功鉴别出了所有15个甲

胎蛋白阴性的HCC患者。比较匹配的血浆和组织样本表明，癌症及癌旁组织导

致了血浆中甲基化标记物升高。

作者们表示，这一MCTA-Seq技术将推动开发ccfDNA甲基化生物标记物，

改善临床癌症检测。