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2020大肠杆菌的分型方法及其研究进展

肠埃希氏菌是一种条件性致病菌，致病性的大肠埃希氏菌具有高度的传染性，会严重危害健康。快速准确地测定大肠埃希氏菌的污染来源对有效缩小疫情影响范围极有帮助，从而避免对人类健康和经济贸易造成重大损失。建立简便高效的分型方法是微生物溯源的关键，常见的大肠埃希氏菌分型方法可分为表型分型和分子分型，这些分型方法各有优劣，具有不同的适用范围。

大肠埃希氏菌(Escherichiacoli，E.coli)又称大肠杆菌，属革兰氏阴性菌，于1885年首次被发现[1]，是人和动物体内的正常寄居菌。大肠埃希氏菌是一种条件致病菌，在正常情况下不致病，然而一些特殊血清型菌株可导致人或动物腹泻、腹痛甚至会产血性粪便，重症病例会并发溶血性的尿毒综合征以及血小板减少性紫癜[2-3]。

根据大肠埃希氏菌对人类的致病机理不同，可将其分为5种类型：

肠致病性大肠埃希氏菌(Enteropathogenicescherichiacoli，EPEC)

肠产毒性大肠埃希氏菌(Enterotoxigenicescherichiacoli，ETEC)

肠侵袭性大肠埃希氏菌(Enteroinvasiveescherichiacoli，EIEC)

肠出血性大肠埃希氏菌(Enterohemorrhagicescherichiacoli，EHEC)

肠集聚性大肠埃希氏菌(Enteroaggregativeescherichiacoli，EAEC)

大肠埃希氏菌的肠道传染具有比较广泛的特性，而食品在生产、包装及运输过程中极易感染此菌，进而引发传染性疾病[5]。2018年6月，大肠埃希氏菌O157:H7污染生菜事件的暴发，影响了美国36个州，事件造成96人住院和5人死亡[6]。2019年4月，美国的10个州暴发牛肉感染大肠埃希氏菌O103事件，导致177人感染，其中21人住院，涉事公司紧急召回了53200磅牛肉[7]。大肠埃希氏菌是一些传染性疾病的重要来源之一，致病性的大肠埃希氏菌严重威胁着人类健康[8]。迅速确定大肠埃希氏菌的污染来源可有效缩小疫情影响范围，避免对人类健康和经济贸易产生重大损失。根据大肠埃希氏菌表面抗原的不同，大肠埃希氏菌可分为1000多种血清型[9]，建立简便高效的追溯技术和分型方法是微生物溯源的关键。

大肠埃希氏菌的常见分型方法可分为表型分型和分子分型，这两种类型的分型方法各有优劣，具有不同的适用范围，随着分子生物学和生物信息学等学科的迅速发展，大肠埃希氏菌的分型方法不断地被丰富和完善，国内对大肠埃希氏菌的分型方法综述尚未见报道。本文围绕表型分型方法和分子分型方法综述了国内外大肠埃希氏菌分型的研究进展，为致病菌溯源方法的选择提供参考依据，对防御并控制致病菌引起的流行病传播具有重要的意义。

1、表型分型方法

表型分型方法是以各种微生物基因产物发生的生物化学反应为基础来判断微生物菌体种类的一类分型方法[10]。表型分型方法具有多方优势，如分型成本低、操作技术简单、不需要大型分析仪器和设备、一次可进行大批量样本分析等[11]，因此在基层应用比较广泛[12]。然而，此类方法的鉴定结果容易受到菌体生存条件和培养条件的影响，导致鉴定结果不够准确和稳定，还需要其他分型方法的补充和验证[13-14]。常用的表型分型方法有血清分型和噬菌体分型[15]。

1.1血清分型

血清分型是大肠埃希氏菌表型分型中最常用的方法之一，也是鉴定大肠埃希氏菌是否含有致病性的最重要方法。大肠埃希氏菌的抗原结构较复杂，可归为4类抗原：菌体抗原(O抗原)、表面抗原(K抗原)、鞭毛抗原(H抗原)和菌毛抗原(F抗原)[16]。大肠埃希氏菌的血清分型是基于O抗原、K抗原和H抗原来进行分型，研究表明大肠埃希氏菌的K抗原、H抗原与O抗原具有一定程度的相关性，F1、F11菌毛抗原与O78、O1、O2三种菌体抗原型菌株之间存在较为显著的相关性[17]，因此通常在大肠埃希氏菌病的诊断过程中，若仅以鉴定O抗原难以达到预想的分型效果。血清分型的鉴定方法是通过血清凝集实验来实现的，血清凝集实验是通过高温(100℃，2h)处理菌株获得菌株表面O抗原，基于免疫共沉淀的原理，O抗原与相应抗体结合，在电解质存在的条件下，经过一段时间可出现肉眼可见的凝集小块，以此来判断是否有目标抗原存在。

目前已知的大肠埃希氏菌O抗原血清型有170种，在中国已经有50多种致病性大肠埃希氏菌血清型被成功分离和鉴定[18]。高崧等[19]运用血清分型对595株大肠埃希氏菌进行了分析，发现6个血清型为优势血清型，分别是O18、O78、O2、O88、O11和O26。2003年我国颁布的《致泻大肠埃希氏菌检验国家标准》[20]采用的是血清分型方法，2016年修订了新的国家标准[21]，采用的是聚