生物信息学实验课件.ppt

2实验二常用分子生物学数据库检索方法及数据格式2生物信息学实验2实验二常用分子生物学数据库检索方法及数据格式2实验二常用分子生物学数据库检索方法及数据格式2实验二常用分子生物学数据库检索方法及数据格式2实验目的1.了解ncbi所提供的在线entrez检索方法。2.了解EBI所提供的SRS检索方法。3.熟悉查询swiss-prot蛋白质序列数据库的查询。4.详细了解三大核酸序列数据库之一的GenBank数据库平面文件Flatfile。5.详细了解蛋白质结构数据库PDB数据库中的pdb文件。2实验二常用分子生物学数据库检索方法及数据格式2实验材料计算机，网络。2实验二常用分子生物学数据库检索方法及数据格式2实验过程1.Entrez检索方法NCBIAlldatabaseEntrez查询某一关键词（eg.Helicase，insulin，topoisomerase，gyrase，hemoglobin。）依次点击各个数据库查看2实验二常用分子生物学数据库检索方法及数据格式22实验二常用分子生物学数据库检索方法及数据格式22实验二常用分子生物学数据库检索方法及数据格式22实验二常用分子生物学数据库检索方法及数据格式2实验过程2实验二常用分子生物学数据库检索方法及数据格式22实验二常用分子生物学数据库检索方法及数据格式2GenPept文件下载2实验二常用分子生物学数据库检索方法及数据格式2平面文件获得查询某一条核酸序列获得平面文件保存或者下载用写字板（记事本）打开2实验二常用分子生物学数据库检索方法及数据格式2实验过程2.SRS检索方法。EBISRS@EBIchoicedatabase查询某一关键词（eg.Helicase，insulin，topoisomerase，gyrase，hemoglobin。）2实验二常用分子生物学数据库检索方法及数据格式22实验二常用分子生物学数据库检索方法及数据格式22实验二常用分子生物学数据库检索方法及数据格式2实验过程3.Swiss-prot查询方法。Swiss-protSRS@EBIchoicedatabase查询某一关键词（eg.Helicase，insulin，topoisomerase，gyrase，hemoglobin）。2实验二常用分子生物学数据库检索方法及数据格式22实验二常用分子生物学数据库检索方法及数据格式22实验二常用分子生物学数据库检索方法及数据格式22实验二常用分子生物学数据库检索方法及数据格式22实验二常用分子生物学数据库检索方法及数据格式24.GenBankflatfile（GBFF）内容。是GenBank数据库的基本信息单位，也是最广泛地用以表示生物序列的格式之一。GenPept文件GBFF可以分成三个部分，头部包含关于整个记录的信息（描述符）。第二部分包含了注释这一记录的特性，第三部分是核苷酸序列自身。所有的核苷酸数据库记录（DDBJ/EMBL/GenBank）都在最后一行以//结尾。2实验二常用分子生物学数据库检索方法及数据格式22实验二常用分子生物学数据库检索方法及数据格式2