第十二章微生物的进化系统发育分类分析.pptxVIP

第十二章微生物的进化、系统发

育和分类鉴定

•进化的测量指征

•细菌分类

•微生物分类鉴定的特征和技术

•微生物的快速鉴定和自动化分析技术

第一节进化的测量指征

•高等动植物判断亲缘关系：形态结构、生理生

化、行为习性等表型特征，少量的化石资料

•微生物：形体微小、结构简单、缺少有性繁殖

过程，依靠表型特征无法测量其系统发育

进化指征的选择:

•微生物的系统发育，主要是分析和比较生物大分

子的结构特征，特别是蛋白质、RNA和DNA这些反

映生物基因组特征的分子序列，作为判断各类微

生物乃至所有生物进化关系的主要指征

•蛋白质、RNA和DNA序列进化变化的显著特点是进

化速率相对恒定

合适的指征大分子

•1、必须普遍存在于所研究的各个生物类群中

•2、在各种生物中功能同源的大分子

•3、为了鉴定大分子序列的同源位置或同源区，

要求所选择的分子序列必须能严格线性排列，

以便进行进一步的分析比较

•4、根据所比较的各类生物之间的进化距离来

选择适当的分子序列(选择进化速率低的分子

序列)

rRNA作为进化的分子指征依据

1、rRNA参予生物蛋白质的合成过程，其功能是任何生物都必

不可少的，而且在生物进化的漫长历程中，其功能保持不变

2、在16SrRNA分子中(系谱分析的分子尺，古化石)，既含有高

度保守的序列区域，又有中度保守和高度变化的序列区域，

因而它适用于进化距离不同的各类生物亲缘关系的研究

3、16SrRNA分子量大小适中，便于序列分析.

（5S\16S\23S,120个核苷酸\1540\2900）

4、rRNA普遍存在于真核生物和原核生物中，且占总RNA的90%，

便于提取（伍斯）。

rRNA序列测定和分析方法

1、寡核苷酸编目分析法-30%序列，

发现古生菌

（1）16SrRNA提取--T1核酸酶水解-

-同位素标记--电泳分离、放射自

显影技术、电泳图谱，确定寡核

苷酸分子序列

相似性系数法和序列印记法比较亲

缘关系

•相似性系数法：通过计算相似性

系数SAB值来确定微生物之间的关

系（SAB=2NAB/(NA+NB)

•序列印记法：通过序列比较后，

若发现某些序列仅为某种(群)微

生物所特有，这些序列即可作为

该种(群)微生物的印记序列

序列印记通常出现在某一特定系统发育群的全部

成员或绝大多数成员。

20世纪70年代末，生命分为三界的理论，就是采

用寡核苷酸编目分析法对大量微生物分析比较后

提出来的

电泳的原理

古生菌、细菌和真核生物的16S(18S)RNA的印记序列

2、全序列分析法

用反转录酶和双脱氧序列分析，可以对未经纯化的rRNA抽提物进

行直接的序列测定

双脱氧核苷终止法测定全序列

系统发育树

•系统发育树----在研究生物进化和系统分类中，常用一

种树状分枝的图型来概括各种(类)生物之间的亲缘关系，

这种树状分枝的图型被称为系统发育树(phylogenetic

tree)，简称系统树

•无根树：只是简单表示生物类群之间的系统发育关系，

并不反映进化途径

•有根树：不仅表示出A、

B、C、D的亲疏，而且反

映出它们有共同的起源及

进化方向

全生命系统树(Olsen和Woese1993)

•基因组系列研究表明：在域内和域间存在广泛的

基因水平转移，及真核生物拥有来自细菌或古生

菌的基因，两域之间也有频繁的基因交换。甚至

细菌也可从真核生物域获得基因。

三界生物的主要特征

•伍斯：用寡核苷酸序列编目分析法

•三界(域)：Bacteria(细菌)、Archaea(古生菌)和

Eukarya(真核生物)

第二节细菌分类

•分类(classification)是根据一定的原则(表型

特征