沿海滩涂细菌资源多样性及部分放线菌菌株抗菌活性研究.pdf

摘要

我国拥有绵长的海岸线，沿海滩涂资源丰富。滩涂因受盐度、温度、氧气、光照和

海流等节律性变化及人类活动的影响，孕育了独特且多样的微生物区系。本研究通过高

通量测序技术，探究广东、福建、上海、江苏和浙江五省滩涂细菌的群落多样性及物种

组成；结合群落共现性分析，指导分离培养方法，以期获得更多、更新的可培养细菌资

源；并针对放线菌的代谢产物优势，挖掘具有水产疾病防治应用潜力的抗菌活性菌株，

以期未来应用于实践，助力生产。主要研究结果如下：

通过对56份滩涂样品的高通量测序分析，结果显示，沿海滩涂环境中细菌多样性

丰富，分布于70个门、215个纲、534个目、899个科和1,836个属。优势菌群包括，

假单胞菌门（Pseudomonadota，占比18.21%）、绿弯菌门（Chloroflexota，11.91%）、酸

杆菌门（Acidobacteriota，9.90%）、拟杆菌门（Bacteroidota，9.06%）、脱硫杆状菌门

（Desulfobacterota，5.64%）、浮霉菌门（Planctomycetota，4.66%）、粘菌门（Micrococcus，

4.30%）、髌骨细菌门（Patescibacteria，3.72%）、放线菌门（Actinomycetota，3.38%）、

疣微菌门（Verrucomicrobiota，3.36%）和芽孢杆菌门（Bacillota，3.20%）。基于PICRUSt

平台结合的直系同源蛋白数据库（ClustersofOrthologousGroups，COG）和京都基因与

基因组百科全书（KyotoEncyclopediaofGenesandGenomes，KEGG）数据库的功能预

测分析，发现滩涂环境的细菌类群包含25类直系同源蛋白，且大量与代谢功能相关；

在代谢途径水平，注释得到代谢、遗传信息处理、环境信息处理、细胞过程、人类疾病

和有机系统6大类功能中的46种代谢途径，其中包括与抗菌代谢产物相关的萜类化合

物和聚酮化合物的代谢途径等功能。

通过共现网络分析，预测群落复杂相互作用关系，确定其核心类群均为未/难培养微

生物类群；并通过BiologECO板对其生理代谢特征进行检测，运用传统培养组、免培

养指导纯培养的方法，对22份滩涂样品中的细菌，尤其是放线菌进行分离培养。结果

显示，共获得菌株1,070株，隶属于6个门，12个纲，31个目，51个科和124个

属，6个门及所占比例分别为：放线菌门（占比58.79%）、芽孢杆菌门（28.21%）、假单

胞菌门（18.88%）、拟杆菌门（0.75%）、蓝细菌门（0.28%）和疣微菌门（0.09%）。获得

133株潜在新物种，分属于50个属，主要包括类诺卡氏菌属（Nocardioides）、农霉菌

属（Agromyces）、栖潮滩菌属（Aestuariivita）、交替红色杆菌属（Altererythrobacter）、袁

其朋菌属（Qipengyuania）、鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas）和鞘氨醇微菌属

（Sphingomicrobium）。对于目标类群放线菌，共获得629株，分布于35个属，主要包

括：小单孢菌属（Micromonospora，占放线菌比例32.3%）、链霉菌属（Streptomyces，

18.9%）、农霉菌属（Agromyces，18.8%）、红球菌属（Rhodococcus，5.4%）、微球菌属

（Micrococcus，4.0%）、分枝酸小杆菌属（Mycolicibacterium，4.9%）、类诺卡氏菌属

（Nocardioides，2.9%）、诺卡氏菌属（Nocardia，1.4%）、假节杆菌属（Pseudarthrobacter，

1.3%）和马杜拉放线菌属（Actinomadura，1.1%）。另外还获得三株蓝细菌，16SrRNA

基因序列相似度低于85%。针对获得的潜在新物种，本研究通过多相分类的方法，进行

系统分类学研究，成功确定了2株候选新种的分类学地位。

为挖掘具有水产疾病防治应用潜力的抗菌活性菌株，本研究对241株放线菌进行聚

酮类化合物相关生物合成基因簇的扩增筛选，成功获得56株潜在功能菌株，并对其进

行抗菌活性验证。结果显示，31株