《分子生物学》-7.真核生物的染色质和RNA聚合酶（中大生科院）.docxVIP

7.真核生物的染色质和RNA聚合酶

真核生物染色质

染色质的组成：DNA+组蛋白

DNA：带负电

组蛋白：富含精氨酸（Arg）和赖氨酸（Lys）的碱性蛋白质

组蛋白带正电荷，与带负电的DNA具有高亲和性,DNA缠绕在组蛋白上形成核小体。

DNA甲基化-抑制

DNA甲基化的种类

1.主要为5－甲基胞嘧啶（5mC）

5mCDNA甲基化的功能

通过干扰甲基化敏感转录因子的结合,募集具有抑制转录功能的MBP蛋白、改变染色质的构象使其变得更致密（B-DNAZ-DNA）等方法，从而抑制DNA的转录。

此外，5mC还能影响基因组稳定性。

5mCDNA甲基化与去甲基化

DNA甲基转移酶（DNAmethyltransferases,DNMTs，如DNMT1，DNMT3a,DNMT3b）催化DNA的5mC修饰

给新合成的DNA链加上甲基

TET双加氧酶（Teneleventranslocationdioxygenase,如TET1，TET2,TET3）

真核生物中的5mC主要在CpG岛、CpXpG、CCA/TGG和GATC中。

DNA5mC的动态调控

2.少量的6-甲基腺嘌呤（6mA）

3.少量7－甲基鸟嘌呤（7mG）

6mA和7mG修饰的功能、调控和意义？

组蛋白

5类：H1,H2A,H2B,H3,H4。

组蛋白的分子量较小

核小体

核小体的组成与大小

两个H2A/H2B二聚体以及一个(H3-H4)2四聚体，构成八聚体核小体核心（10nm）。

146bpDNA缠绕组蛋白核心1.7圈，形成直径11nm的核小体。

H1结合在核小体外围DNA上，稳定核小体结构。

抑制基因转录

保护DNA

核小体定位的方法

DNasehypersensitive

判断哪一段无核小体结合保护

ATAC-seq——染色质开放性测序技术

测序（哪些地方被加上标签）

利用转座酶研究染色质可进入性的高通量测序技术。

DNA的复制，基因的转录，是需要将DNA的高级结构解开的。只需要打开一部分，即需要表达基因的区域即可。而这一个过程，主要由染色体组蛋白的修饰（尤其是乙酰化）来实现的。

这部分打开的染色质，就叫开放染色质。而染色质一旦打开，就允许一些调控蛋白（比如转录因子和辅因子）跑过来与之相结合。而染色质的这种特性，就叫做染色质的可进入性。

我们如何去寻找开放的染色质区域呢？

传统的实验方法主要是借助MNase-seq和DNaseIhypersensitivityassay。

这两个实验的主要思路是一致的：染色质变得开放，就意味着DNA和组蛋白的浓聚程度降低，就会有一部分DNA暴露出来。而一旦失去了蛋白质的保护，这部分DNA就可以被DNA酶（MNase或DNaseI）所切割。然后，我们再把切割完的DNA拿来测序，和已知的全基因组序列相比较，就能发现被切掉的是哪些地方，没有被切掉的地方又在哪里，从而获知开放的染色质区域。

不过，这两个方法都有明显的缺陷，即耗时费力与重复性差。

DNA转座，是一种把DNA序列从染色体的一个区域搬运到另外一个区域的现象，由DNA转座酶来实现。这种转座插入DNA，也是需要插入位点的染色质是开放的，否则就会被一大坨高级结构给卡住。

那么，我们只要人为地，将携带已知DNA序列标签的转座复合物（即带着红色蓝色测序标签的转座酶Tn5），加入到细胞核中，再利用已知序列的标签进行PCR后测序，就知道哪些区域是开放染色质了。而这也就是ATAC-seq的原理。

组蛋白修饰

组蛋白修饰调控基因的转录活性

组蛋白修饰调控转录活性的分子机制？

就讲乙酰化和甲基化

组蛋白修饰的种类

1.乙酰化(K)-促转录

乙酰化发生在组蛋白（H3、H4）N端尾部的赖氨酸侧链的氨基上

组蛋白乙酰化使得染色质更加松散，去乙酰化使得染色质更加致密

组蛋白乙酰化酶，又称组蛋白乙酰基转移酶（HAT），它催化乙酰CoA的乙酰基转移到核心组蛋白上。

一种HAT可以催化多个氨基酸位点的乙酰化；同一个位点的乙酰化可以被不同HAT催化。

组蛋白去乙酰化酶的发现（HDAC）

2.甲基化（K,R）-促/抑

甲基化发生在组蛋白赖氨酸或精氨酸的侧链氨基上

不同程度的甲基化对染色质的影响不同

单双三甲基修饰等

可促可抑

组蛋白甲基化酶

又称组蛋白甲基转移酶（HMTs）

催化1-3个甲基基团转移到组蛋白赖氨酸或精氨酸上，由辅酶s-腺苷甲硫氨酸（SAM）提供甲基。

组蛋白去甲基化酶（HDTs）

其它组蛋白修饰

新修饰位点不断解析，新修饰类型不断涌现

3.磷酸化(S,T,Y)

4.泛素化（K）

5.类泛素化(K)

6.其他，如巴豆酰化（K）

新组蛋白修饰的功能和意义？

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