《分子生物学》-6.原核生物的转录与调控（中大生科院）.docxVIP

6.原核生物的转录与调控

分子生物学的核心是基因的表达与调控

RNA聚合酶如何识别转录起始位点？

RNA聚合酶怎么知道哪里该从DNA上掉下来？

DNA链与RNA链配对？

为什么有的基因表达高有的基因表达低？

1.原核生物的转录

?转录的概念、基本过程

基因

典型的原核生物基因

真核生物的mRNA通常只包含一个基因，而原核生物的mRNA可包含多个基因

转录(transcription)

拷贝出一条与DNA链序列完全相同（除了T-U之外）的RNA单链的过程。

位置：拟核区域

转录起始-延伸-终止

?Contents

I.RNA

结构

RNA是由核糖核苷酸通过磷酸二脂键聚合成的单链线性分子

碱基

RNA：AUGC

Watson-Crickpair

?A-U(~2kcal/mol)

?G-C(~3kcal/mol)

Wobblepair（摆动配对）

?G-U(~1kcal/mol)

核糖

为核糖，2端不脱-OH，因此易受其他酶结合反应

RNA链自身折叠形成局部双螺旋，可形成大量的三级结构

分类

编码RNA

messengerRNA(mRNA)2%

非编码RNA(ncRNA)

ribosomalRNA(rRNA)80%

transferRNA(tRNA)16%

smallinterferingRNA(siRNA)

microRNA(miRNA)

smallnuclearRNA(snRNA)核内小

smallnucleolarRNA(snoRNA)核仁小

guideRNA(gRNA)—Crisper/Cas9....

功能

1.作为细胞内蛋白质生物合成的主要参与者

2.部分RNA可以作为核酶在细胞中催化一些重要的反应

3.参与基因表达的调控

4.在某些病毒中，RNA是遗传物质

II.RNA聚合酶

结构

。

全酶不论对哪种DNA模板都有强转录能力

以双链DNA为模板

不需要引物

5’-3’

III.转录起始

。

RNApol全酶与DNA进行松散结合与再结合，并寻找启动子

全酶找到启动子并与之松散结合，形成二元封闭复合物

全酶的紧密结合使DNA局部解链，形成二元开放复合物

RNA聚合酶、DNA与新生RNA形成三元复合物

σ因子被释放，核心聚合酶沿模板DNA链移动

启动子:聚合酶结合位点

启动子清除

FRAT技术

E.ColiRNA聚合酶蜷缩机制：

?将下游DNA拉入自身内部

?无需发生实际移动，失去启动子上的把手

?蜷缩DNA储有足够的能量，可使聚合酶破坏与启动子的结合

启动子:共有序列

。

启动子:UPelement

RNA聚合酶α亚基拥有独立折叠的C端结构域（CTD），该结构域识别启动子的UP元件并与之结合

UP元件是一个启动子元件，被RNA聚合酶自身识别

不是都有，需要高表达的有（为强启动子）

仅在RNA聚合酶存在的情况下，UP元件能将rrnBP1基因的转录效率提高30倍

细菌σ因子结构

。

RNA聚合酶的活性位点

。

IV.转录延伸

σ因子走掉，核心酶沿模板DNA链移动并使新生RNA链不断伸长的过程

延伸复合物:核心酶,DNA,新生RNA

新生RNA链中只有8~9个核苷酸与DNA模板保持碱基互补状态

比转录起始复合物稳定

37度时，每分钟2500个核苷酸

缺乏严谨的校正机制：1/10000——RNA聚合酶的校对功能

核心聚合酶结构

Primarychannel:DNA,RNA-DNAhybrid

Secondarychannel:NTPentry

RNAexitchannel:mRNAexit

延伸中的拓扑学问题

伴随着RNA聚合酶的移动，DNA模板维持一段短的解链区

行进的RNA聚合酶前方的DNA解旋，而其后的DNA又重新聚合，由此在DNA分子内引入的张力通过拓扑异构酶加以释放

V.转录终止

核心酶碰上终止信号，停止加入新的核苷酸，与模板DNA相脱离，释放新生RNA链

内在终止子

反向重复序列

反向互补

发夹

。

终止位点上游一般存在一个富含GC碱基的反向重复序列（~20个核苷酸）

终止位点前面有一段4~8个A-T碱基对序列，其转录产物的3’端为寡聚U

终止效率与二重对称序列和寡聚U的长短有关

在新生RNA中出现发卡结构会导致RNA聚合酶的暂停，破坏RNA-DNA杂合链5’端的正常结构

寡聚U的存在使杂合链的3’端部分出现不稳定的rU-rA区域

两者共同作用使RNA从三元复合物中解离出来

依赖于ρ因子的终止子

有些终止位点的DNA序列缺乏共性，不能形成强的发夹结构，因而不能诱导转录的自发终止。

只有在ρ因子存在时，RNA聚合酶才能在DNA模板上准确停止转录。