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城市污水中SARS-CoV-2监测及主要变异株鉴定

摘要

第一部分：荧光PCR和微滴式数字PCR用于石家庄市污水中SARS-CoV-

2丰度监测的研究

目的：针对污水中存在的SARS-CoV-2建立一种可以同时检测污水中

严重急性呼吸系统综合症冠状病毒2（SARS-CoV-2）N1、E和辣椒轻度

斑驳病毒（PMMoV）的逆转录微滴式数字PCR（Reversetranscription

DropletdigitalPCR,RT-ddPCR）方法，结合实时荧光定量反转录PCR

（Real-timeRT-PCR，RT-qPCR）同时监测石家庄市市区污水中SARS-

CoV-2的丰度变化。用于本地暴发疫情监测预警与规模评估的研究。

方法：开发了一种三重RT-ddPCR方法，使用三重引物探针同时检测

N1、E和PMMoV，以实现污水中SARS-CoV-2RNA的准确定量。进一

步利用该方法，结合商业化多重RT-qPCR检测试剂盒，对石家庄地区污

水中的SARS-CoV-2丰度开展为期24个月的持续监测。将获得的石家庄

市污水中SARS-CoV-2的浓度的数据与中国CDC公布的哨点医院

COVID-19的感染趋势进行Pearson相关和线性回归统计学分析。

结果：试验证明所建立的方法的分析验证在准确性、灵敏度、特异性

和重现性方面表现出良好的性能特征，N1基因检测限为159copies/mL，E

基因检测限为228copies/mL。将建立的高灵敏检测污水中SARS-CoV-2

Omicron变异株的三重RT-ddPCR方法应用于石家庄市为期24个月的污

水监测中。在2021年11月至2023年10月期间共采集130份污水样品。

使用RT-ddPCR方法检测到62份SARS-CoV-2阳性样本，RT-qPCR检测

到61份阳性样本。2022年11月10日，首次检测到SARS-CoV-2，使用RT-

ddPCR方法检测N1基因浓度为625copies/mL，E基因浓度为228

copies/mL。此时使用RT-qPCR方法检测为阴性。2022年12月14日污水

中SARS-CoV-2浓度达到峰值，根据统计数据，哨点医院的COVID-19报

告病例数也在5天后达到峰值。病毒浓度在新型冠状病毒感染（Corona

VirusDisease2019,COVID-19）暴发和衰退周期中形成了“长尾”形状。

结果表明，多重RT-ddPCR和RT-qPCR均能有效检测出污水中的SARS-

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CoV-2，但RT-ddPCR能够检测到污水中低浓度的SARS-CoV-2，且灵敏

度相较RT-qPCR更高。通过Pearson相关和线性回归统计学分析，显示

中国哨点医院的COVID-19阳性率与每周污水数据之间存在很强的相关

性。

结论：本研究建立的RT-ddPCR在检测和定量污水样品SARS-CoV-2

的病毒浓度方面具有较高的准确性、灵敏度和特异性，与广泛使用的商业

多重RT-qPCR检测试剂盒的阳性结果基本一致。但其在极低浓度水样中，

表现出更好的灵敏性。社区污水中的SARS-CoV-2浓度变化趋势与临床数

据具有很强的相关性，表明社区污水监测SARS-CoV-2是病毒性传染病暴

发监测预警和评估的有效工具。

关键词：污水，监测，SARS-CoV-2，COVID-19，RT-ddPCR

第二部分：基于二代测序技术的SARS-CoV-2全基因组测序鉴定石家庄

市污水中的变异株

目的：利用二代测序技术对污水中SARS-CoV-2病毒进行全基因组测

序（wholegenomesequencing,WGS），旨在鉴定污水中的SARS-CoV-2

主