基于16S+rRNA的高校宿舍环境及人体皮肤微生物组的法医学鉴识研究.pdf

中文摘要

基于16SrRNA的高校宿舍环境及人体皮肤微生物组的

法医学鉴识研究

摘要

目的：微生物无处不在，是一个潜在的证据宝库。最近研究表明，对

人体微生物而言，居住环境和生活方式的影响可能大于遗传因素，提示通

过微生物可将案件当事人与所处环境进行关联，分析现场遗留物品的归属

信息、案件发生的时间地点信息等，为案件侦查提供线索。高校宿舍楼具

有标准的建筑设计、陈设和统一的通风系统，代表了一个有趣的模型。本

研究拟通过16SrRNA测序技术筛选高校宿舍微生物标志物，探讨个人微

生物组匹配宿舍环境微生物组的法医学能力，拓展微生物特征在法医学研

究与应用的潜力。

方法：采集26名健康无关学生个体的皮肤拭子样本52份，其宿舍物

品及环境拭子样本76份，共计128份样本。使用TGuideS96磁珠法土壤

/粪便基因组DNA提取试剂盒提取微生物DNA，采用IlluminaNovaSeq

6000测序平台，利用双末端测序方法，对样本菌群16SrRNA基因的V3-V4

区进行测序。原始数据进行拼接后得到的序列进行质量过滤，去除嵌合体。

在相似性为100%的水平上对序列进行聚类,以测序所有序列数的0.005%

作为阈值过滤ASV。以Silva.138为参考数据库使用朴素贝叶斯分类器对

特征序列进行分类学注释可得到每个特征对应的物种分类信息，使用

SourceTracker评估目标样本（Sink）中微生物来自于源样本（Source）的

比例。使用Wilcoxon秩和检验对不同分组间的α多样性指数进行差异性

评估。采用weightedunifrac算法计算样品间的距离评估β多样性。使用

LEfSe分析找出两组或多组内有显著差异的物种。利用随机森林算法在R

软件（version4.1.2）上构建推断模型。

结果：

1.宿舍环境微生物组成分析

在所有检测的128份宿舍环境微生物拭子样本中，相对丰度排名前5

的细菌门有Firmicutes,Actinobacteriota,Proteobacteria,Bacteroidota和

Fusobacteriota，总体占据宿舍微生物的95%以上；排名前10的细菌属有

1

中文摘要

Lactobacillus,Corynebacterium,Staphylococcus,Cutibacterium,

Escherichia_Shigella,Enterococcus,Streptococcus,Bacteroides,

Enhydrobacter和Ligilactobacillus。

2.性别对宿舍环境微生物群的影响

男生宿舍和女性宿舍组的微生物Chao1指数存在显著差异，且女性

宿舍组明显大于男性。β多样性分析也显示男性受试者和女性受试者之间

的微生物群存在显著差异。根据ASV的相对丰度，利用宿舍环境样本构

建随机森林性别推断模型，训练集的预测正确率为100.00%，测试集正确

率为92.11%。

3.人数对宿舍微生物群的影响

所有样本的三种人数组别（N3,N4,N6）各组之间Chao1指数均存在

显著差异，β多样性分析也显示不同人数分组之间的微生物群存在显著差

异。根据ASV的相对丰度，利用宿舍环境样本构建随机森林人数推断模

型，训练集的预测正确率为100%，测试集正确率为78.38%。

4.不同宿舍微生物群的分析

所有样本六个宿舍组别（M3,M4,M6,F3,F4,F6）各组之间Chao1指

数多存在显著差异。β多样性分析也显示不同宿舍分组之间的微生物群存

在显著差异。根据SourceTracker，特定宿舍门把手和灯开关按钮等与手

相关的环境表面微生物与该宿舍居住人员手掌部微生物较相似，而地板微

生物对鞋底微生物组成的贡献度较高。根据ASV的相对丰度，利用宿舍

环