生物信息学数据分析综合实践-课程教学大纲.docx

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ADDINCNKISM.UserStyle《生物信息学数据分析综合实践》课程教学大纲

（实践课程）

一、课程基本信息

课程号

1223S09078

开课单位

生命科学学院

课程名称

（中文）生物信息学数据分析综合实践

（英文）ComprehensivePracticeofBioinformaticsDataAnalysis

课程性质

选修

考核类型

考查

课程学分

3

课程学时

3周

课程类别

专业拓展课

适用专业（类）

生物信息学

二、课程描述及目标

（一）课程简介

《生物信息学数据分析综合实践》课程是本专业（类）的一门专业拓展课程，旨在培养学生全面的生物医学数据科学研究与开发能力。本课程主要是对前面三年生物信息学本科专业学习的总结，强调学生对核酸、蛋白质序列的分析算法、结构和功能注释方法的认识与实现，同时还对组学数据分析中常用的统计学、信息学、机器学习和数据挖掘进行全面总结，并结合学科发展的前沿，对出现的新技术与新方法进行深入的分析与探索。

（二）教学目标

课程目标1：掌握生物信息学中常用的数据分析工具，并熟练运用进行生物医学数据分析。

课程目标2：掌握生物信息学各个领域的核心算法，用掌握的计算机语言实现。

课程目标3：能根据提出的生物学问题开发算法，并加以实现，有效解决问题。

课程目标4：了解学科各个领域最新的发展动向，对学科的发展趋势有所认识。

三、课程目标对毕业要求的支撑关系

毕业要求指标点

课程目标

1-1：****

课程目标1

2-3：****

课程目标2

3-1：****

课程目标3

3-3：****

课程目标4

四、教学方式与方法

1．实习作业法。参加一定的项目，掌握一定的技能与有关的直接知识，综合运用所学知识。

2．学生间分组，降低个体学习的难度，对于编程能力强的同学，教师要鼓励其在分组内或分组之间充分发挥特长，将学生的个体差异转变为教学资源，调动学生的积极性和创造性思维。小组人数控制在4-5人，学生的表现记入期末成绩。

五、实践内容、基本要求与学时分配

序号

实践内容

基本要求

学时

方式

对应课程目标

1

生物信息学中的高性能计算

掌握并行计算的分类，加以实现。掌握并行集群构建的方法，MPI并行编程的实现，CPU编程实现，了解云平台

3

讲授

课程目标1

2

基因组序列分析方法

掌握比较基因组分析的各种策略；对于motif发现的各种算法有深入的认识。完成比较基因组学分析，预测基因组中的各种组件

3

讲授

课程目标2

3

组学数据分析与统计

能运用各种工具和假发统计学分析工具，结合各种算法，对组学数据进行挖掘。了解各种二代测序技术的关键要点以及数据处理方法；掌握各种短续列比对，拼接等不同策略

6

讲授

课程目标2

4

统计遗传学分析

掌握统计遗传分析从实验设计到样本收集和数据分析的手段。多种基于家系和基于人群的分析方法与人群的分析方法的评估；全基因组关联分析；

6

讲授

课程目标3

5

二代测序数据的分析

各种二代测序平台数据的处理和分析，尤其是各种数据格式的解读和深入挖掘.了解各种二代测序技术的关键要点与数据处理方法；掌握各种短序列比对

8

实训

课程目标3

6

生物医药数据分析中的数据挖掘

掌握数据挖掘的各种方法，能在不同的计算平台灵活运用这些方法进行数据分析。深度中测序数据解读并找到各种突变；RNAseq数据的法分析发现差异表达基因；原基因组数据的解读与分析；表观基因组数据的分析

8

实训

课程目标2

7

生物复杂网络的建模与分析

基于各种组学数据重构静态与动态网络，并次啊用网络发现某些生物学过程的关键与作用模式；基因调控网络、蛋白相互作用网络、代谢以及其应用

6

实训

课程目标4

8

结合学科前沿可选项目开发

独立从事生物信息学的研究与开发的能力。结合学科最高水平与自己的研究思路，开展项目研究

3

实训

课程目标4

合计

43

六、实践成果呈现要求

要求实验结果以实验报告的形式递交，实验报告内容应包括实验目的、原理、步骤、数据处理、结果分析等。

七、学业评价和课程考核

（一）考核类型：?考试?考查

（二）考核方式：?实践报告?实践作品?项目汇报

?其它：

（三）成绩评定：

考核

依据

建议分值

（百分比）

考核/评价细则

对应课程目标

过程

考核

70

出勤表现

10%

考勤情况，课堂表现、学习态度等

课程目标1

实验操作能力

30%

学习小组考核

课程目标2

数据分析能力

30%

学习小组考核

课程目标3

文献阅读能力

30%

学习小组考核

课程目标4

期末

考核

30

课程论文

课程目标1-4

八、课程目标达成评价

课程目标的实际达成效果计算方式如下，达成值越高，教学效果越好。

课程目标达成度

毕业要求指