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4、苏云金芽孢杆菌杀虫蛋白进化机制
5、SARS进化机制此部分供同学们自学常见的分子进化分析程序1.Phylip由华盛顿大学遗传学系开发,是一个免费的系统发育分析软件包,可以通过以下地址下载。/phylip.html2.PAUP*最早是在苹果机上开发的具有菜单界面的进化分析软件,早先版本只有MP法,后续版本已经包括距离法和ML法,现今有mac,win,linux等多种版本,该软件不是免费软件,使用者需要向开发者购买。Phylip软件包介绍Phylip是一个免费的系统发生(phylogenetics)分析软件包。以下链接可以下载:http://evolution.genetics,/phylip.html由华盛顿大学遗传学系开发,1980年首次公布,目前的版本是3.6(2000年6月)。Phylip软件包介绍Phylip包含了35个独立的程序,这些独立的程序都实现特定的功能,这些程序基本上包括了系统发生分析的所有方面。Phylip有多种不同平台的版本(包括windows,Macintosh,DOS,Linux,Unix和OpenVMX)。Phylip是目前最广泛使用的系统发生分析程序,主要包括一下几个程序组:分子序列组,距离矩阵组,基因频率组,离散字符组,进化树绘制组。Phylip软件包介绍分子序列组:1.蛋白质序列:protpars,proml,promlk,protdist2.核酸序列:dnapenny,dnapars,dnamove,dnaml,dnamlk,dnainvar,dnadist,dnacompPhylip软件包分组介绍距离矩阵组:Fitch,kitsch,neighbor基因频率组:Gendist,contml离散字符组Pars,mix,move,penny,dollop,dolmove,dolpenny,clique,factorPhylip软件包分组介绍进化树绘制组:drawtree,drawgram其他:restdist,restml,seqboot,contrasttreedist,consense,retreePhylip软件包分组介绍Phylip软件包的文档是非常详细的,对于每个独立的程序,都有一个独立的文档,详细的介绍了该程序的使用及其说明。此外,Phylip软件包还包括程序的源代码(c语言)。Phylip软件包的文档Phylip软件包的应用1,根据你的分析数据,选择适当的程序如,你分析的是DNA数据,就在核酸序列分析类中选择程序(dnapenny,dnapars,dnamove,dnaml,dnamlk,dnainvar,dnadist,dnacomp)如果分析的是离散数据,如突变位点数据,就在离散字符组里面选择程序。2.选择适当的分析方法如你分析的是DNA数据,可以选择简约法(DNAPARS),似然法(DNAML,DNAMLK),距离法等(DNADIST)。。。Phylip软件包的应用3.进行分析选择好程序后,执行,读入分析数据,选择适当的参数,进行分析,结果自动保存为outfile,outtree。Phylip软件包的应用 Outfile是一个记录文件,记录了分析的过程和结果,可以直接用文本编辑器(如写字板)打开。 outtree是分析结果的树文件,可以用phylip提供的绘树程序打开查看,也可以用其他的程序来打开,如treeviewPhylip软件包的应用出发数据-已经排列好的蛋白序列。重构算法-距离法(protdist.exe)最大简约法(protpars.exe)最大似然法(proml.exe)统计分析-拨靴法(bootstrap)实际应用(从蛋白序列推导进化树)实际操作Phylip软件包中的每个分析程序都是一个独立的应用程序。我们选择好了分析算法后,按一定的顺序组合使用选择的程序,就可以获得按选择的算法分析的结果(进化树)。例子:从我们刚刚通过clustal比对获得的蛋白序列推测进化树。选择方法:距离法(protdist.exe)
第一步:双击执行protdist.exe,根据提示输入分析的文件名(程序
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