基因组学理论课 第13章分子进化分析与进化模式.ppt

4、苏云金芽孢杆菌杀虫蛋白进化机制

5、SARS进化机制此部分供同学们自学常见的分子进化分析程序1.Phylip由华盛顿大学遗传学系开发，是一个免费的系统发育分析软件包，可以通过以下地址下载。/phylip.html2.PAUP*最早是在苹果机上开发的具有菜单界面的进化分析软件，早先版本只有MP法，后续版本已经包括距离法和ML法，现今有mac，win，linux等多种版本，该软件不是免费软件，使用者需要向开发者购买。Phylip软件包介绍Phylip是一个免费的系统发生(phylogenetics)分析软件包。以下链接可以下载：http://evolution.genetics,/phylip.html由华盛顿大学遗传学系开发，1980年首次公布，目前的版本是3.6（2000年6月）。Phylip软件包介绍Phylip包含了35个独立的程序，这些独立的程序都实现特定的功能，这些程序基本上包括了系统发生分析的所有方面。Phylip有多种不同平台的版本（包括windows，Macintosh，DOS，Linux，Unix和OpenVMX）。Phylip是目前最广泛使用的系统发生分析程序，主要包括一下几个程序组：分子序列组，距离矩阵组，基因频率组，离散字符组，进化树绘制组。Phylip软件包介绍分子序列组：1.蛋白质序列：protpars，proml，promlk，protdist2.核酸序列：dnapenny，dnapars，dnamove，dnaml，dnamlk，dnainvar，dnadist，dnacompPhylip软件包分组介绍距离矩阵组：Fitch，kitsch，neighbor基因频率组：Gendist，contml离散字符组Pars，mix，move，penny，dollop，dolmove，dolpenny，clique，factorPhylip软件包分组介绍进化树绘制组：drawtree，drawgram其他：restdist，restml，seqboot，contrasttreedist，consense，retreePhylip软件包分组介绍Phylip软件包的文档是非常详细的，对于每个独立的程序，都有一个独立的文档，详细的介绍了该程序的使用及其说明。此外，Phylip软件包还包括程序的源代码（c语言）。Phylip软件包的文档Phylip软件包的应用1，根据你的分析数据，选择适当的程序如，你分析的是DNA数据，就在核酸序列分析类中选择程序（dnapenny，dnapars，dnamove，dnaml，dnamlk，dnainvar，dnadist，dnacomp）如果分析的是离散数据，如突变位点数据，就在离散字符组里面选择程序。2.选择适当的分析方法如你分析的是DNA数据，可以选择简约法（DNAPARS），似然法（DNAML，DNAMLK），距离法等（DNADIST）。。。Phylip软件包的应用3.进行分析选择好程序后，执行，读入分析数据，选择适当的参数，进行分析，结果自动保存为outfile，outtree。Phylip软件包的应用 Outfile是一个记录文件，记录了分析的过程和结果，可以直接用文本编辑器（如写字板）打开。 outtree是分析结果的树文件，可以用phylip提供的绘树程序打开查看，也可以用其他的程序来打开，如treeviewPhylip软件包的应用出发数据－已经排列好的蛋白序列。重构算法－距离法(protdist.exe)最大简约法(protpars.exe)最大似然法(proml.exe)统计分析－拨靴法(bootstrap)实际应用（从蛋白序列推导进化树）实际操作Phylip软件包中的每个分析程序都是一个独立的应用程序。我们选择好了分析算法后，按一定的顺序组合使用选择的程序，就可以获得按选择的算法分析的结果（进化树）。例子：从我们刚刚通过clustal比对获得的蛋白序列推测进化树。选择方法：距离法(protdist.exe)

第一步：双击执行protdist.exe,根据提示输入分析的文件名(程序