药物设计与设计人生.pptVIP

TotalSolutionsMolecularModellingVisualisation

分子建模与可视化

ModellingVisualisationSYBYL/Base（基础平台）AMPAC（半经验量化）MOPAC（半经验量化）MM3_2000（分子力学）MOLCAD（图形显示）AdvancedComputation（构像分析）GraphicswindowTextportSoftwareIntroductionModellingVisualisation10conformations95conformationsTorsionangleModellingVisualisationQSARADME

定量构效关系与药动学性质预测QSARModulesQSARwithCoMFA,AdvancedCoMFA,HQSAR,clogP/CMR,Distill,VolSurf研究的内容计算与化合物活性性质相关的结构特征构建预测化合物活性的模型生物活性,ADME性质根据模型预测活性和ADME性质在药物发现中所起的作用为筛选和合成新化合物提供信息为药物设计提供新思路QSARADME与活性高度相关的网格被用某些特定的颜色标记出来，指示用户修饰分子的思路。LessstericbulkMorenegativechargeQSARADMEPharmacophorePerception

药效团分析PharmacophoreperceptionDISCOtechGASP例子-TagametandZantac在体内具有相同的生物学效应结合到相同的受体whatdotheyhaveincommonin2D?SulphurRingNitrogenrichsectionwhatdotheyhaveincommonin3D?H-bondDonorH-bondAcceptorHydrophobePharmacophoreperceptionChemicalInformatics

化学信息学ChemicalInformaticsBiomolecularSoftwareBiopolymer（生物大分子）Composer（同源模建）MatchMaker（穿线法）GeneFold（复合穿线法）FUGUE（远程同源模建）ProTable（蛋白质结构分析）SiteID（结合位点分析）LeapFrog（从头设计）RachelBiomolecularSoftwareAndvisualiseitontheactualstructureComputestructurequalitydatainMSSVirtualScreening多种评价函数共同进行打分。G_scoreD_scorePMF_scoreChemScore GOLD程序 DOCK程序 * GLIDE程序多种评价函数的一致性评价就是更具有参考意义的CScoreVirtualScreening虚拟筛选方法DatabaseScreenwithDOCKTop1%~10%ScreenwithFlexXLeadCompounds2MillionCompsVirtualScreeningFlexX–唾液酸酶凯鹏视算凯鹏视算凯鹏视算凯鹏视算首先给大家一个直观的印象,这是Sybyl软件的基本界面。从图中我们可以看到界面分成上下两个部分，上面是图形界面，用鼠标直接操作菜单。下部分是命令行界面，提供给熟练的用户用命令操作或者是使用SPL语言编写的脚本。Sybyl使用单一界面，基本上所有软件模块都在这个统一的平台上运行，学习起来相对简单，能够让科研人员把主要的精力放在药物研究方面，而不是软件的学习。接下来我将结合一些实例向大家介绍sybyl软件模块。首先介绍Sybyl的生物大分子模块系列，包括以下八个模块,这些模块能对三维结构已知的大分子进行修正和能量的优化,对三维结构未知的大分子进行同源模建或者是反向折叠预测,对结构进行合理性分析，对结合腔的位置进行确定。后两个模块LEAPFROG,RACHEL是基于大分子结构的从头设计软件模块,PROTABLE是蛋白结构分析的模块,使用表格和图形相结合的方法对蛋白结构中不合理侧链,二面角进行调整,对于实验方法获得的结构比如核磁或者X衍射,以及理论构建的方法获得的结构都能够加以修正