基于16SrDNA测序的扬子鳄健康差异下菌群结构和功能研究.pdf

摘要

基于16SrDNA测序的扬子鳄健康差异下菌群结构和功能研究

摘要

作为我国特有的鳄目动物，扬子鳄(Alligatorsinensis)也是国家一级保护动物。

目前随着人工养殖扬子鳄的规模逐渐扩大，扬子鳄种群数量逐渐增加。而如何促

进扬子鳄疾病防治和改善饲养体系是目前亟待解决的问题。微生物一方面可以帮

助宿主生长发育，另一方面可以导致扬子鳄患病死亡。因此，本研究以患有红斑

样皮肤溃疡的扬子鳄和生长速率不同的幼鳄为研究对象，旨在通过扬子鳄不同健

康背景下微生物的差异，探究致病菌种类及功能，分析促进幼鳄生长的益生菌。

本研究不仅可以为后续扬子鳄微生物组的研究打下基础，还可以帮助扬子鳄保育

工作人员提高病鳄生存率，完善幼鳄饲养体系。本研究分为两个方面：

1

（）同龄幼鳄体型差异为表型，采集不同体型幼鳄泄殖腔微生物进行测序。

结果表明生长速率不同的幼鳄泄殖腔微生物组的丰富度、均匀度和丰度不存在显

著差异，但是在门水平和属水平的组成有显著差异；在top35的属中，有18个

StenoxybacterGracilibacteriaAbsconditabacteriales_(SR1)

属存在显著差异；、、、

Saccharimonadales和Moraxella这5个属与体重呈现很强的正相关，Rhodobacter、

Terrimonas和Thermomonas与体重呈现明显的负相关；与幼鳄体型呈正相关的微

3-S--L-D-

生物功能主要集中在酸类（丁香酸、苯丙酸、腺苷甲硫氨酸、半乳糖酸），

糖类（L-鼠李糖、D-葡萄糖、岩藻糖）以及盐类的降解（原儿茶酸盐、乙酸盐、

硝酸盐），而与体形呈负相关的微生物功能主要集中在各种活性物质的合成上；

2

（）以红斑样皮肤溃疡的扬子鳄为研究对象，采集健康和患病个体口腔、

泄殖腔及患处微生物进行测序，结果表明患有红斑样皮肤溃疡的扬子鳄与健康个

体之间相比，在口腔和泄殖腔中微生物丰富度、均匀度及丰度之间没有显著差异，

PseudoalteromonasAustwickia

但是在患处的微生物丰度显著低于健康组；患处、、

Enhydrobacter、Paracoccus和Brevundimonas这五个属显著高于健康组；患处微

生物功能主要与肌醇的降解、外泌碱的生物合成、2,3-丁二醇生物合成的超级途

4R0.5

径、去精脒生物合成这个功能呈高度正相关（）；健康组中微生物与

D-葡聚糖降解I、肌苷5-磷酸生物合成Ⅰ等功能呈高度正相关（R0.5）。

综上，部分微生物具有促进幼鳄生长的作用，功能主要是生物活性物质的分

解。益生菌在代谢过程中可以将一部分宿主难以吸收的物质分解成可以吸收的物

质，进而帮助宿主生长。另外，扬子鳄皮肤红斑样溃烂并不是某一种致病菌侵染

引起的，而是多种微生物联合作用的结果。当扬子鳄皮肤出现破损，水中

Enhydrobacter侵袭定植并分泌生物碱进一步损伤扬子鳄皮肤角质层，暴露出真

I

摘要

皮层。此时Austwickia趁机定植并降解患处肌肉中的肌醇，导致宿主患病处抗炎

活性下降，从而为环境中其他条件致病菌（例如Paracoccus）创造了定植条件，

随着越来越多的微生物的侵入，由伤口溃烂导致多器官衰竭，最终引起扬子鳄死

亡。

关键词：扬子鳄健康；致病菌；益生菌；红斑样皮肤溃疡；生长速率

II