生物信息学B教案.docxVIP

授课单元名称

绪论

学时

1

时间、课次

教学目的

了解什么是生物信息学、生物信息学的研究对象及内容是什么、生物信息学的历史发展过程。

重点、难点

教学重点：生物信息学的定义，研究对象及内容；生物信息学的历史发展过程。

教学难点：生物信息学的研究对象及内容。

教学过程设计

一、课程引入（2分钟）

自我介绍后，通过介绍英文“bioinformatics”来源引入生物信息学课程介绍，讲解本学期该课程概况，包括学时，先修课程、教材、推荐课程自学平台等。

二、课程内容（36分钟）

1.生物信息学的定义

人类基因组计划第一个五年总结报告给出了生物信息学较为完整的定义。报告中说：生物信息学是一门交叉学科，它包含了生物信息的获取、加工、存储、分配、分析、解释等在内的所有方面，它运用数学、计算机科学和生物学的各种工具来阐明和理解大量数据所包含的生物学意义。此外，各国不同的教科书里关于生物信息学也有不同的定义。比如，美国乔治亚理工大学给生物信息学的定义是：生物信息学是采用数学、统计学和计算机等方法分析生物学、生物化学和生物物理学数据的一门综合性学科。美国加州大学洛杉矶分校说，生物信息学是对生物信息和生物学系统内在结构的研究，它将大量系统的生物学数据与数学和计算机科学的分析理论及使用工具联系起来。浙江大学陈铭教授在他所著的《生物信息学》一书中写到：生物信息学是计算机与信息科学技术运用到生命科学，尤其是分子生物学研究中的交叉学科。

如果我们把HGP第一个五年报告，美国加州大学的定义，美国乔治亚理工大学的定义，还有浙江大学陈铭教授所说的，综合到一起。他们似乎都在表达同一个意思，那就是“生物信息学就是用计算机来解决生物问题”。

生物信息学研究对象及内容

生物信息学的研究对象非常多，只要有生物学意义的他都研究。如果要细分的话，可以分为核酸，蛋白质，和其他。核酸里包括诸如测序及应用，基因序列注释，基因预测，核酸序列比对，核酸数据库，比较基因组学，宏基因组学，基因进化，RNA结构预测等。而蛋白质就更加包罗万象了，除了蛋白质数据库，蛋白质序列比对，还有蛋白质二级三级结构预测，蛋白质相互作用分析，分子动力学模拟，分子对接，蛋白质组学等。至于其他，凡是不能简单归入核酸或蛋白质的都包括在其他里面，比如代谢网路模建，数据挖掘分析，序列算法开发，计算进化生物学，生物多样性研究等。本门课会挑最基础，最常用的内容给大家以最通俗最实用的方式进行讲解。

对于生物工作者来说---生物信息学主要研究的内容为：分析、解释生物学数据；对于数理和信息科学工作者来说---发展新的数理和信息科学的技术和方法用于管理生物数据。

生物信息学的历史进展

随着测序技术的出现以及计算机科学的快速发展，1979年美国洛斯阿拉莫斯实验室建立了GenBank数据库，以储存测序产生的数据。三年后，欧洲分子生物学实验室EMBL也建立了核酸序列数据库，之后亚洲也有了自己的核酸序列数据库DDBJ。三大核酸序列数据库于90年代初实现资源共享，联合成立国际核苷酸序列数据库。随着三大核酸数据库中数据的迅猛增长，生物信息学日渐成熟，并展露出不可或缺的重要地位。1987年美籍华人林华安博士首创了bioinformatics一词，並发起首屆国际生物信息学系列会议，使得生物信息学一词在世界各地广为沿用。

三、课程小结（5分钟）

绪论之后，本课程主要内容包括以下几个方面：生物数据库的检索与利用、数据库的查询与搜索、PCR引物设计、序列质量检测及拼接、核酸常规分析、序列比对、蛋白质序列分析、分子进化与系统发生树构建。大家要学会利用共享数据库和软件去分析和解释实验数据。

四、板书设计

1.生物信息学的定义

2.生物信息学研究内容

3.生物信息学的历史进展

五、课后作业和下次课预习安排（2分钟）

课后作业：查阅资料登录并了解GenBank，EMBL，DDBJ三大核酸数据库的格式及注释信息。

预习：提前预习生物信息学数据库的基本工具和方法，包括序列比对、基因预测、结构预测等，并思考这些工具和方法在生物信息学中的应用。

授课单元名称

生物信息学数据库的检索与利用

学时

3

时间、课次

2月26日、3月4日7节-8节总第1、2次

教学目的

了解生物信息学常见的数据库资源，掌握GenBank、UniProt、PDB、PubMed等国际著名的生物信息数据库的类型与特点；掌握如何在NCBI上查询各物种的核酸序列和蛋白质序列并以FASTA格式导出。理解生物信息数据库常见记录的格式内容；理解各数据库注释的含义。

重点、难点

重点：GenBank、UniProt、PDB、PubMed数据库的特点；如何在NCBI上查询各物种的核酸序列和蛋白质序列并以FASTA格式下载序列。

难点：如何在NCBI上查询各物种的核酸序列和蛋