生物信息学分析昼夜节律基因脑细胞类型特异性改变对衰老的影响.pdfVIP

2025年3月中国比较医学杂志March,2025

第35卷第3期CHINESEJOURNALOFCOMPARATIVEMEDICINEVol.35No.3

韩雪，顾小萍.生物信息学分析昼夜节律基因脑细胞类型特异性改变对衰老的影响［J

(3):15-29.

HanX,GuXP.Bioinformaticsanalysisofcircadianrhythmgenealterationsinrelationtobrain-celltypesandtheirimpacton

aging[J].ChinJCompMed,2025,35(3):15-29.

doi:10.3969/j.issn.1671-7856.2025.03.002

生物信息学分析昼夜节律基因脑细胞类型

特异性改变对衰老的影响

韩雪12，顾小萍1*

（1.南京大学医学院附属鼓楼医院麻醉科，南京210008;2.南京大学医学院，南京210093）

【摘要】目的面对人口老龄化带来的挑战，衰老相关神经退行性疾病的发病率持续攀升，而其发病机

制尚不明晰，治疗手段有限。本研究聚焦于衰老这一发病基础，采用生物信息学方法，探索衰老过程中脑细胞

类型特异性基因表达变化及其对衰老的影响，为深入研究脑衰老的生物学机制提供更多依据。方法利用R

软件中的Seurat对青年和老年小鼠脑组织单细胞测序数据集GSE169606进行整合、质量控制、数据标准化和

统计分析,通过细胞类型注释与差异基因分析，识别出不同细胞类型下的差异表达基因,并借助基因本体论

（GeneOntology，GO）和京都基因与基因组百科全书（KyotoEncyclopediaofGenesandGenomes，KEGG）进行功

能注释和富集分析，通过蛋白质相互作用网络（protein-proteininteraction，PPI）分析差异基因之间的相互作

用，最后利用cytoHubba插件中MCC、MNC、DMNC和Dgree4种算法确定每种细胞中的枢纽基因。结果通

过细胞注释共确定了13个细胞种类，在老年组和青年组比较后，本研究重点对神经元、小胶质细胞、星形胶质

细胞和内皮细胞4种主要细胞类型中筛选出的差异基因进行了深入分析。GO分析发现神经元、星形胶质细

胞及内皮细胞的差异基因均显著富集于昼夜节律相关生物学途径,KEGG分析发现小胶质细胞和内皮细胞的

差异基因均在昼夜节律相关信号通路富集，PPI分析发现神经元、小胶质细胞和内皮细胞的差异基因生物学

网络均显著富集于昼夜节律功能聚类模块。进一步，通过对4种算法取交集，筛选出上述细胞类型中的核心

基因，在这一过程中，本研究还发现小胶质细胞、星形胶质细胞以及内皮细胞中昼夜节律基因的特异性变化。

结论本研究运用单细胞转录组学技术，揭示了衰老过程中神经元、小胶质细胞、星形胶质细胞及内皮细胞中

基因差异表达情况。鉴定出了小胶质细胞、星形胶质细胞及内皮细胞中的枢纽基因，特别是3种细胞类型中

特异性昼夜节律基因改变，为深人探索大脑衰老的分子机制及开发相关干预措施奠定基础。

【关键词】昼夜节律基因；昼夜节律；衰老；脑细胞；生物信息学

【中图分类号】R-33【文献标识码】A【

【文章编号】1671-7856（2025）03-0015-15

Bioinformaticsanalysisofcircadianrhythmgenealterationsinrelation

tobrain-celltypesandtheirimpactonaging

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HANXuel2,CUXiaoping

(1.DepartmentofAn