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—６４—江苏农业科学２０２５年第５３卷第６期

沈峰，刘哲，郑佳秋，等．萝卜扩展蛋白基因家族鉴定及不同生育时期表达模式分析［Ｊ］．江苏农业科学，２０２５，５３（６）：６４－７５．

ｄｏｉ：１０．１５８８９／ｊ．ｉｓｓｎ．１００２－１３０２．２０２５．０６．００７

萝卜扩展蛋白基因家族鉴定及不同生育时期

表达模式分析

１１１２２１１１１１１

沈峰，刘哲，郑佳秋，王燕，徐良，王薇薇，张丽娜，冯汝超，吴永成，祖艳侠，梅邁

（１．江苏沿海地区农业科学研究所，江苏盐城２２４００２；２．南京农业大学园艺学院，江苏南京２１００９５）

摘要：为了研究萝卜扩展蛋白基因家族的结构特征与表达模式，对萝卜扩展蛋白基因家族进行全基因组鉴定，并

对其系统进化关系、染色体定位、保守基序与基因结构、启动子顺式元件以及不同生育时期表达模式等进行分析。从

整个基因组中总共鉴定出５２个萝卜扩展蛋白基因家族（ＲｓＥＸＰ）成员，系统进化树分析显示该家族共被分为４个亚

族，即ＲｓＥＸＰＡ、ＲｓＥＸＰＢ、ＲｓＥＸＬＡ、ＲｓＥＸＬＢ。在ＲｓＥＸＰ的启动子区域内有多个与植物激素和逆境胁迫相关的顺势作用

元件，并且在ＲｓＥＸＰ蛋白序列中预测到多个翻译后修饰位点。染色体定位结果表明，共有４５个ＲｓＥＸＰ基因定位在萝

卜９条染色体上，且在萝卜和拟南芥中共形成７０对共线基因。密码子偏好性结果显示，萝卜扩展蛋白中共出现６６８６

个密码子，其中高频密码子有１２个。此外，基于转录组数据的表达模式显示，ＲｓＥＸＰ基因的表达具有时空特异性，并

且不同成员可能在萝卜的生长发育过程中发挥不同程度的作用。研究结果有助于探索ＲｓＥＸＰ基因在萝卜生长和发

育中的潜在功能，并为后续机理研究奠定基础。

关键词：萝卜；扩展蛋白；基因家族；生物信息学分析；表达模式；ＲｓＥＸＰ

中图分类号：Ｓ６３１．１０１文献标志码：Ａ文章编号：１００２－１３０２（２０２５）０６－００６４－１２

植物细胞壁的可塑性是植物生长发育和响应酸组成的信号肽，后接２个保守结构域（ＤＰＢＢ＿１和

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环境变化的关键因素。为了生长，植物细胞可以在Ｐｏｌｌｅｎ＿ａｌｌｅｒｇ＿１）。根据系统发育关系，可将植物

短时间内改变自身的形状或结构，以满足植物当前扩展蛋白基因家族（ＥＸＰ）划分为４个亚族，即

［１］［１３］

的生长需要，适应特定的生长环境。扩展蛋白是ＥＸＰＡ、ＥＸＰＢ、ＥＸＬＡ、ＥＸＬＢ。研究表明，植物扩

一类广泛存在于植物细胞壁中的非水解细胞壁松展蛋白基因家族可以参与植物的生长发育。例如，

弛蛋白，可通过破坏纤维素微纤维和半纤维素之间ＡｔＥＸＰＡ２被发现可以参与赤霉素（ＧＡ）介导的种子

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的非共价键来诱导细胞壁的改变。自１９８９年首萌发，在拟南芥中异源表达大豆ＧｍＥＸＬＢ１可以

［１５］

次在黄瓜中发现扩展蛋白以来，随着高通量测序技显著促进根的生长，ＦａＥＸＰＡ２的表达水平在草

术的飞速发展，越来越多的扩展蛋白基因家族被相莓果实成熟和软化过程中显著提高，所以经常被用

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继挖掘和分析鉴定。迄今为止，已相继从拟南