杂交构树UGDH基因家族生物信息学分析及表达特性分析.pdfVIP

第44卷第11期中南林业科技大学学报Vol.44No.11

2024年11月JournalofCentralSouthUniversityofForestryTechnologyNov.2024

Doi:10.14067/ki.1673-923x.2024.11.013http://

杂交构树UGDH基因家族生物信息学分析

及表达特性分析

高娜，吕昕霏，刘佳欣，白玉娥，吉仁花

（内蒙古农业大学林学院，内蒙古呼和浩特010019）

摘要：【目的】对杂交构树UGDH基因家族成员进行克隆、生物信息学及表达特性分析。【方法】利用

BroussonetiakazinokiBroussonetiapapyiferaUGDH

杂交构树(×)的转录组数据获取基因序列，分别命名为

BpUGDH1BpUGDH2BpUGDH4UGDHBpUGDH3

、和，设计引物克隆杂交构树的基因家族成员(其中在前

期研究中已克隆），采用ExPASy、TMHMMServerv2.0、Swiss-ModeL、SOPMA、MEGA11.0等软件进行了

生物信息学分析；采用qRT-PCR对不同器官组织进行基因表达差异分析。【结果】通过克隆获得了杂交构树

UGDH1、UGDH2、UGDH3和UGDH4基因全长序列分别为1895、927、1658和481bp，编码480、294、

480和131个氨基酸；其中BpUGDH2为疏水性蛋白，其余为亲水性蛋白。BpUGDH基因均不含信号肽；

均无跨膜结构域，蛋白均存在PLNO2353superfamily一个超家族保守结构域。多序列比对得出BpUGDH1、

BpUGDH2BpUGDH3BpUGDH4BpUGDH1UGDH2

、、蛋白序列之间相似性为68.39%；系统进化树同大豆聚

为一类；BpUGDH2和大豆UGDH4亲缘关系较近，同时BpUGDH2和BpUGDH4聚为一类，BpUGDH4和水稻

UGDH1、水稻UGDH2以及玉米UGDH2亲缘关系近；BpUGDH3和拟南芥UGDH3有较近的亲缘关系。蛋白二

BpUGDH1BpUGDH2BpUGD4αBpUGDH3

级结构分析表明、、均以螺旋和无规则卷曲为主，则以无规则卷曲

为主，占39.79%。qRT-PCR结果显示BpUGDH1在叶的表达量最高；BpUGDH2在根的表达量最高；BpUGDH3

在茎中的表达量最高，BpUGDH4在茎的表达量最高，该基因家族均在茎中表达。【结论】本研究克隆得到了杂

交构树UGDH1、UGDH2、UGDH4基因并与吉仁花克隆所得的杂交构树UGDH3基因共同进行生物信息学分析，

为研究探讨各基因之间在调控半纤维素和果胶含