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棉花学报，（）：―

CottonScience2025373185193

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陆地棉gag基因家族的鉴定与分析

王旭明1，赵夏夏2，布热比亚·亚合普1，翟亚巍1，杨高峰1，郭志刚3，马云珍3，张友平3*

（新疆喀什市农业农村局，新疆喀什；喀什市帕哈太克里乡人民政府，新疆喀什；

1.8440002.844000

3.中国农业科学院棉花研究所，河南安阳455000）

摘要：【目的】转座子是基因组进化的重要驱动力，但陆地棉中gag基因家族的功能尚未明确。本研究旨在鉴定

陆地棉中的gag基因家族成员，分析其结构特征、进化关系及表达模式，为探究其在棉花生长发育和逆境响应

中的功能奠定基础。【方法】基于陆地棉遗传标准系TM-1基因组，利用HMMER软件、NCBI-CDD数据库和

Pfam数据库鉴定gag基因家族成员；通过生物信息学工具分析其理化性质、亚细胞定位和染色体分布；利用

ClustalX和MEGAX构建系统进化树；通过PlantCARE分析启动子顺式作用元件及结合RepeatMasker和

LTR_retriever分析LTR转座子的分布特征；利用转录组数据和实时定量聚合酶链式反应分析部分gag基因的

表达模式，探索gag基因的功能。【结果】鉴定出陆地棉166个gag基因，其中A亚组基因数量多于D亚组。系

统进化分析显示，该家族可分为2大类（9个亚类），基因结构多样。大多数Ghgag基因存在于LTR转座子。启

动子分析发现大量与生长发育、激素响应及逆境胁迫相关的顺式作用元件。表达模式表明，部分基因在特定组

织（如胚珠、纤维）或逆境（高温、盐胁迫）中较高水平表达，如Ghir_A09G013490和Ghir_D04G004460。【结论】

gag基因家族在陆地棉中具有结构和功能多样性，其进化与LTR转座子活动密切相关。部分成员可能参与非

生物胁迫响应及胚珠发育调控，为棉花遗传改良提供了潜在靶点。

关键词：陆地棉；基因；生物信息学；表达模式

gag

IdentificationandanalysisofthegaggenefamilyinGossypiumhirsutumL.

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