序列比对与系统发生分析第四章讲课文档.pptVIP

第124页，共193页。Multiplesequencealignmentprograms新基因的鉴定蛋白序列特殊氨基酸残基分析第125页，共193页。系统发育分析PART3第126页，共193页。CharlesDarwin(1809-1882)第127页，共193页。达尔文与贝格尔号旅行第128页，共193页。第129页，共193页。《物种起源》第130页，共193页。第131页，共193页。因为达尔文的缘故，后世很多科幻小说把接触地外生命的任务交给一艘叫做贝克尔号的飞船。欧航局的火星着落器叫做贝克尔2号.可惜坠落在火星表面第132页，共193页。中喙地雀，加拉帕戈斯群岛上的一种达尔文雀。第133页，共193页。基本概念：系统发生（phylogeny）——是指生物形成或进化的历史；系统发生学(phylogenetics)——研究物种之间的进化关系；系统发生树（phylogenetictree）——表示形式，描述物种之间进化关系；系统发生与系统发生树第134页，共193页。WilliHennig(1913-1976)系统发生学（分支学）创始人第135页，共193页。基本概念：分子系统学——是比较3个或者更多个基因组之间的序列，揭示它们的进化关系的学科；分类学有2个学派：表征学、分子系统学它们都主张分类应包括众多的特征，并采用严格的数学方法进行计分分类；表征学：采用的资料来自于所比较物种的不同特征，最初采用的是形态学特征；表征学将生物归入一系列不同等级的分类目录：界、门、纲、目、科、属、种这一等级制度，被称之为“生命之树”；第136页，共193页。经典系统发生学 主要是物理或表型特征 如生物体的大小、颜色、触角个数现代系统发生学 利用从遗传物质中提取的信息作为物种特征 具体地说就是核酸序列或蛋白质分子关于现代人起源的研究: 线粒体DNA ——所有现代人都是一个非洲女性的后代第137页，共193页。GenedocClustalXClustalWAlignX多序列比对的软件第92页，共193页。序列的输入序列alignment格式调节输出到绘图内编辑Genedoc第93页，共193页。第94页，共193页。第95页，共193页。第96页，共193页。第97页，共193页。AlignmentofA.ferrooxidansSODproteinanditsorthologs.Atf27230:A.ferrooxidansATCC27230,De195:Dehalococcoidesethenogenes195Gspca:GeobactersulfurreducensPCA,Tad1728:ThermoplasmaacidophilumDSM1728.Identicalresidueshavebeenboxedandareshadedindark.第98页，共193页。SequencealignmentofHomosapiensSgt1.2withitsfivehomologousproteins.Numbersontherightrefertothelastaminoacidineachcorrespondingline.Residuesindicatedwithdarkshadingareidenticalaminoacids.Greyshadingrepresents80-90%similarityandlightgreymeans60-70%similarity.第99页，共193页。SequencealignmentofS_TKcdomainofPXK_v1withconsensusS_TKcdomain.Identicalresiduesarerepresentedinblackandsimilarresiduesingray.ThesubdomainsoftheS_TKcdomainareindicatedwithRomannumerals.Asterisksdenotetheindispensableresiduesoflysine,glutamineandaspartic