11-qPCR实验小问题2-筛选qPCR试剂,是不是扩增Ct值越小越好.docxVIP

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qPCR实验小问题2-筛选qPCR试剂,是不是扩增Ct值越小越好?

目前市面上的qPCR试剂五花八门,那我们筛选qPCR试剂时,是不是扩增Ct值越小越好呢?那显然是不是的,从下图可以看到,在某个Ct值的位置,有个焦点,但是显然,2个试剂做出的标准曲线斜率是不一样的,只有满足斜率在-3.58~-3.10之间,才是符合要求的试剂,那我们就从下面几个方面来进行解释,如何筛选试剂。

01试剂性能评估指标

01试剂性能评估指标

实验方法:实验采用的方法是\t/products_4/_blankSYBR法、荧光探针法,针对不同收集荧光的方法,有大量不同的试剂。

样本类型:模板是DNA,还是RNA,miRNA,有的还有血液直扩等。

基因GC含量:引物设计的原则GC含量在40%-60%之间,但是有的序列是高GC区,而且引物只能在此区域设计,那市面上也有针对高GC含量的扩增试剂,可供参考。

检出率:可以多设计几个基因,看检出率是否一致,市面上的几款试剂盒进行对比,比较检出率的高低。

特异性:特别是做SNP分型实验时,那特异性显得尤为重要,要区分野生型与突变型,因只有1个碱基的区别,高特异性的试剂是需要的。

扩增效率以及灵敏度:特别设计高丰度、中丰度以及低丰度表达的基因以及内参基因,同时做标准曲线,看试剂的扩增效率是否满足要求。

那如何判断做出来的标准曲线是符合预期的呢?需要满足以下要求:

①斜率在-3.58~-3.10之间。

②扩增效率在90%-110%之间。

③R2≥0.98。

④线性检测范围5-8个数量级。

重复性以及准确度:这是试剂最基本的要求。

扩增的高保真性能:有的酶经过优化,3端错配识别能力强,具有较强的高保真性能。

02从体验度指标来看

02从体验度指标来看

操作简便:

是否能够在室温下配置,还是必须在冰盒上操作;

是否可以兼容所有的仪器平台,还是只是适用某个厂家的仪器;

试剂是否带有颜色,带有颜色的试剂,可以清晰的看到哪个孔加样了,哪个孔没有加样,避免了很大一部分的操作误差。

例如:有一款试剂,酶MIX是蓝色的,模板稀释液稀释后的样本是黄色的,当将模板加到酶MIX后,呈现绿色,同时染料不影响荧光信号的采集和试剂的基础性能,特异性以及灵敏度没有降低。

体系配置的操作是否简单,有的将酶、PCRBuffer以及dNTPs等分开,那配置试剂时,就会比酶MIX复杂很多。

反应时间:有的试剂针对的PCR程序时间短,有的比较长,对于实验结果,我们肯定是想尽快看到实验结果的。

试剂的稳定性:试剂的有效期多久。

体系的稳定性:预混引物探针后分别经反复冻融等的处理,与-20℃对照组相比均无显著差异,表明试剂具有良好的预混稳定性。

防污染:引入的dUTP/UDG防污染系统,能有效防止气溶胶污染风险。

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