茄科植物DFR基因密码子偏性与进化分析.pdfVIP

第３３卷第４期呼伦贝尔学院学报Ｎｏ．４Ｖｏｌ．３３

２０２５年８月ＪｏｕｒｎａｌｏｆＨｕｌｕｎｂｕｉｒＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙＰｕｂｌｉｓｈｅｄｉｎＡｕｇ．２０２５

茄科植物ＤＦＲ基因密码子偏性与进化分析

王英琪张俊杰高伟博刘福芳李景伟姜超

（呼伦贝尔学院内蒙古海拉尔０２１００８）

摘要：二氢黄酮醇－４－还原酶（ＤＦＲ）是类黄酮生物合成途径的关键酶，主要参与花青素的

合成，花青素作为主要的呈色物质之一，决定了茄科植物的丰富色彩，研究ＤＦＲ基因的密码子偏好

性，可为提高其表达效率及花青素合成相关的遗传工程提供理论依据。选取４２个茄科植物的ＤＦＲ

基因，通过计算ＧＣ含量、有效密码子数（ＥＮＣ）、相对同义密码子使用度（ＲＳＣＵ）等相关参数，分析

ＤＦＲ基因的密码子偏好性，结果表明ＤＦＲ基因的ＧＣ１、ＧＣ２、ＧＣ３的平均值为４８．５３、３８．９３、３５．２１，

ＥＮＣ值范围分布为３８．７９～５６．３７，表明ＤＦＲ基因的密码子偏好性较弱；ＥＮＣ－ｐｌｏｔ关联分析与ＰＲ２

－ｐｌｏｔ偏倚分析显示多种因素驱动密码子使用；ＤＦＲ基因偏向使用ＧＣＡ、ＡＧＡ、ＵＣＡ密码子。本研

究为茄科ＤＦＲ基因的功能解析、提高表达效率、优化密码子组成、外源基因改良提供理论基础。

关键词：茄科；ＤＦＲ基因；密码子偏好性；聚类分析

中图分类号：Ｑ９４３．２文献标识码：Ａ文章编号：１００９－４６０１（２０２５）０４－０１１８－１１

花青素是存在于大多数植物中的水溶性色素，经胁迫的诱导，对脱落酸和水杨酸处理也有不同程度的

历酰化和糖基化产生花青素衍生物并沉积在细胞质响应［１１－１５］。ＤＦＲ的表达是一个复杂的调控网，茄科

［１］植物中ＤＦＲ基因的启动子和可变剪接被证实能够影

中，其属于类黄酮的重要次生代谢产物。这些化合

物不仅赋予植物组织丰富色彩，还具抗氧化、吸收紫响花青素的积累［１６－１７］，通过对ＤＦＲ基因的深入研究

［２－５］有助于更好地理解植物花色形成的分子机制，并为作

外线、增强植物抗逆性与抗病性的作用。到目前

为止，已经有６００多种花青素和５０００多种黄酮类化合物遗传改良和抗逆品种选育工作提供理论支撑。

物从各种植物物种甚至真菌中被鉴定和表征，其中花密码子偏好性是指氨基酸的同义密码子在使用

青素的类型、含量和分布差异很大，这取决于基因型、［１８］

频率上存在显著差异。研究表明密码子的偏好性

发育阶段和环境条件［６－７］。二氢黄酮醇－４－还原酶广泛存在于各个物种中，不仅基因组的密码子存在使

（ＤＦＲ，ＥＣ１．１．１．２１９）是类黄酮生物合成途径的关键用偏性，不同基因对密码子的使用也存在偏好性，自

酶，已被从多种植物中克隆，并被证明ＤＦＲ基因的突然选择、基因突变和基因漂移等均是影响密码子偏性

变缺失会导致植物中花青素的损失［８－１０］。在茄科植的主要因素［１９－２０］。因此，密码子使用偏性的研究对

物中，花青素不仅赋予果实多彩的外表，还在抵御非了解物种进化、增强基因表达效率有重要意义［２１－２２］。

生物和生物胁迫方面发挥重要作用，而ＤＦＲ基因主系统性分析茄科植物ＤＦＲ基因密码子使用偏

要参与花青素合成、植物激素、环境胁迫和损伤响应，性，探讨影响同义密码子使用的因素，有助于理解

其表达受低温、盐碱、金属离子、ＵＶ－Ｂ辐射等非生物密码子偏性的演变及其生物学意义，为转基因育

收稿日期：２０２４－１０－１４

作者简介：王英琪（１９８９—），