2025年大学《生物信息学》专业题库—— DNA序列比对算法及其应用.docxVIP

2025年大学《生物信息学》专业题库——DNA序列比对算法及其应用

考试时间：______分钟总分：______分姓名：______

一、选择题（每题2分，共20分）

1.在DNA序列比对中，用于惩罚插入或删除操作的罚分通常被称为：

A.匹配得分

B.不匹配罚分

C.开放罚分

D.延伸罚分

2.以下哪种算法适用于寻找两个DNA序列之间最优的、覆盖整个序列的比对？

A.Smith-Waterman算法

B.Needleman-Wunsch算法

C.查找局部最大子序列算法

D.贪心算法

3.DNA序列比对动态规划过程中，状态转移依赖于其邻近的哪些状态？

A.当前状态本身

B.上一行的状态

C.上一列的状态

D.B和C

4.在局部比对算法（如Smith-Waterman）中，当计算到某个单元格的值为0时，该单元格对应的子序列比对得分：

A.必定为负

B.必定为正

C.为0

D.无法确定

5.在生物信息学中，BLAST程序主要用于：

A.对大量序列进行全局比对

B.对单个序列进行局部比对以搜索数据库

C.构建基因组物理图谱

D.进行基因表达谱分析

6.如果两个DNA序列具有高度相似性，但在两端存在较大差异，那么以下哪种比对方法更可能找到其核心相似区域？

A.仅使用高匹配罚分

B.仅使用高不匹配罚分

C.全局比对

D.局部比对

7.DNA序列比对中，匹配（Match）得分通常被设定为：

A.一个负值

B.一个正值

C.零

D.可正可负

8.动态规划方法在序列比对中的主要优势在于能够避免重复计算，它通过存储子问题的最优解来实现这一点。

A.正确

B.错误

9.以下哪个概念与序列比对算法的效率（计算复杂度）直接相关？

A.序列长度

B.比对参数设置

C.硬件性能

D.A和B

10.基因组重测序中，对测序读长（reads）进行比对以组装基因组的过程，主要依赖于：

A.高精度全局比对

B.高灵敏度局部比对

C.A或B，取决于具体情况

D.多序列比对

二、填空题（每空1分，共15分）

1.DNA序列比对的核心目标是寻找两个序列之间的______，通常通过比较匹配、不匹配和插入/删除操作的得分来实现。

2.Needleman-Wunsch算法解决的是______比对问题，其动态规划表通常称为______。

3.Smith-Waterman算法通过引入一个______值来决定是否继续扩展比对或终止当前比对。

4.在序列比对中，罚分通常用来______插入或删除操作，而得分则用来______匹配或相同核苷酸的操作。

5.动态规划方法通过将原问题分解为______的子问题并存储其解，从而避免重复计算。

6.序列比对的______是指衡量比对质量的标准，如E-value或Bit-score。

7.除了全局和局部比对，还存在______比对，它旨在识别序列中所有可能的短片段相似性。

8.生物信息学中的BLAST算法是基于______原理的一种快速序列相似性搜索工具。

9.DNA序列比对是许多下游分析的基础，如______、变异检测和系统发育分析。

10.在DNA序列比对中，如果匹配得分为+3，不匹配罚分为-3，插入罚分和删除罚分均为-2，那么将“ACGT”与“AATG”进行比对，第一个序列插入一个“T”到起始位置，得到的初始状态（不考虑对角线起始值）的得分是______。

三、简答题（每题5分，共20分）

1.简述Needleman-Wunsch算法的基本思想。

2.比较全局比对和局部比对的区别，并说明各自的适用场景。

3.简述动态规划方法在序列比对中的应用原理。

4.序列比对在基因功能预测方面有哪些潜在的应用？

四、计算题（共25分）

假设有两个DNA序列：

S1:ACGTGCAT

S2:ACGTAAT

设定匹配得分=+3，不匹配罚分=-3，插入罚分（删除罚分）=-2。请使用Smith-Waterman算法找到S1和S2之间的最佳局部比对。

1.写出状态转移方程。

2.构建并填充部分（至少展示核心区域，如包含起始匹配位置附近）的得分矩阵和路径矩阵（或决策矩阵）。

3.标示出最高得分位置及其得分。

4.根据最高得分位置和路径矩阵（或决策矩阵），回溯并