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2025年大学《生物信息学》专业题库——病毒感染途径的生物信息学分析

考试时间：______分钟总分：______分姓名：______

一、

简述病毒感染宿主细胞的主要步骤，并说明生物信息学在分析每个步骤中可以发挥作用的具体方面。

二、

假设你获得了一种新发现的未知病毒的全基因组序列。请列出你将采取的生物信息学分析步骤，以初步了解该病毒的分类地位、基因组结构特征和潜在的功能基因。

三、

描述利用生物信息学方法研究病毒与宿主受体结合机制的主要策略。举例说明至少两种具体的分析技术或数据库。

四、

解释什么是蛋白质结构域。说明如何利用生物信息学工具预测一个未知蛋白质序列中可能存在的结构域，并阐述这些结构域可能与其生物学功能（尤其是在病毒感染中）的关系。

五、

以病毒感染引发的宿主免疫应答为例，描述你可以如何利用KEGG、GO和STRING等数据库，结合生物信息学分析方法，来构建和分析相关的分子通路或蛋白质相互作用网络。

六、

病毒基因突变是逃避免疫压力和药物抗性的重要机制。请说明生物信息学方法（如序列比对、系统发育分析、变异功能预测等）如何被用来追踪病毒的进化变迁、识别关键突变位点和评估其潜在的生物学影响。

七、

设计一个生物信息学分析方案，用以研究某特定病毒（例如流感病毒或COVID-19病毒）感染宿主细胞后，哪些宿主细胞因子和信号通路被显著调控。你需要说明所需的数据类型、可能使用的数据库和分析工具。

八、

比较基于序列比对和基于蛋白质结构分析的两种方法在识别病毒蛋白功能上的优缺点。在什么情况下，其中一种方法可能比另一种方法更优越？

九、

论述生物信息学在抗病毒药物研发和疫苗设计中的重要作用。请结合具体实例，说明如何利用生物信息学手段来发现潜在的药物靶点或设计有效的疫苗抗原。

试卷答案

一、

病毒感染宿主细胞的主要步骤包括：吸附（病毒表面的配体与宿主细胞表面的特异性受体结合）、进入/穿膜（病毒或其组分通过宿主细胞膜进入细胞内部）、脱壳（病毒基因组从其蛋白质衣壳中释放出来）、复制与转录（病毒利用宿主细胞的机制或病毒自身携带的酶复制其基因组并转录早期基因）、组装（新复制的病毒组分在宿主细胞内组装成完整的病毒颗粒）、释放（新复制的病毒颗粒从宿主细胞释放出来以感染其他细胞）。

生物信息学在分析这些步骤中可以发挥作用：

*吸附：通过序列比对分析病毒配体与宿主受体之间的同源性，预测结合位点，利用结构生物信息学预测它们的结合模式。

*进入/穿膜：分析病毒包膜蛋白或刺突蛋白的序列和结构特征，预测其拓扑结构、跨膜区域、糖基化位点等，利用系统生物学分析病毒进入途径相关的宿主因子。

*脱壳：分析病毒衣壳蛋白和宿主细胞脱壳因子的序列和结构，预测相互作用界面。

*复制与转录：序列比对和基因注释预测病毒基因组结构、编码的蛋白质；系统发育分析了解病毒复制策略的进化关系；通路分析预测调控病毒复制和转录的宿主信号通路。

*组装：结构生物信息学分析病毒衣壳蛋白结构，预测其自组装规则；分子动力学模拟预测病毒颗粒的组装过程。

*释放：分析病毒和宿主细胞膜融合相关蛋白的结构和序列特征，系统生物学分析宿主细胞的出芽、裂解等释放途径。

二、

初步了解该未知病毒的生物信息学分析步骤如下：

1.序列获取与质量评估：从NCBI等数据库获取基因组序列，使用工具评估序列质量。

2.基因组注释：使用如Glimmer、GeneMark等工具进行基因预测；利用BLAST将基因序列与已知病毒及宿主数据库进行比对，初步确定基因功能。

3.分类学鉴定：使用如NCBITaxonomyBrowser、ICTV在线分类信息系统、或基于核糖体RNA序列（若适用）的系统发育分析工具（如RAxML,MEGA），将病毒序列与已知病毒进行系统发育比较，确定其分类地位。

4.基因组结构分析：分析基因排序、基因重叠情况、是否存在操纵子结构（在某些病毒中）、端粒/回文序列等特征。

5.关键基因识别：利用BLAST、Pfam、CDD等工具，识别病毒基因组中编码的关键功能蛋白，如RNA依赖的RNA聚合酶、DNA聚合酶、逆转录酶、衣壳蛋白、包膜蛋白、蛋白酶等。

6.比较基因组学（可选但推荐）：将其基因组与同科属的其他病毒进行序列比对和系统发育分析，寻找基因组特征和进化关系。

三、

研究病毒与宿主受体结合机制的主要策略包括：

1.序列与结构域分析：利用Pfam、CDD等数据库预测病毒配体蛋白和宿主受体蛋白中可能存在的关键结构域（如催化结合的酶结构域、识别特定基序的域等）；利用序列比对寻找保守的识别基序或结合位点。

2.分子对接（MolecularDocking）：基于已知的病毒配体和宿主受体的高分辨率三维结