二硫化钼纳米孔DNA测序若干影响因素的模拟研究.pdfVIP

摘要

近年来，基因测序在疾病预测和治疗上显示出巨大的应用价值，发展高效的基因测序技

术具有重要意义。目前，固态纳米孔测序被认为是最具潜力的新一代测序方法，其中，二维

单层二硫化钼纳米材料因具有优异的电子性能和机械性能、易制备、以及价格低廉等特点而

备受关注，被认为是非常有前途的可用于基因测序的纳米材料。

针对固态纳米孔DNA测序低分辨率的问题，本论文利用分子动力学模拟的方法，探索了

DNA在二硫化钼表面的吸附行为，并基于DNA在二硫化钼表面的吸附取向，进一步探索了

在电压和牵引力两种作用模式下，电压、纳米孔直径、牵引力和电荷等因素对利用二硫化钼

纳米孔DNA测序的影响，并通过分子模拟获得了最佳二硫化钼纳米孔测序模型，对实验提供

了有益的指导。本论文具体结论如下：

1、从分子水平探讨了不同初始取向的DNA在二硫化钼表面的吸附行为，研究结果表明，

初始构型为水平和垂直的DNA体系均倾向于垂直吸附在二硫化钼表面，且DNA在二硫化钼

表面的吸附取向不受DNA双链的顺序和长度影响。其原因是DNA两侧的磷酸根与二硫化钼

中的硫原子存在较强的静电斥力，导致DNA无法水平吸附在二硫化钼表面，且DNA在范德

华力的作用下倾向于通过端部的残基吸附在二硫化钼表面。该部分研究证明，DNA的吸附取

向行为有利于二硫化钼纳米孔的DNA测序。

2、基于DNA取向的研究，本论文进一步探讨了电压和纳米孔直径对DNA通过二硫化

钼孔道时离子电流的影响，揭示了电压和纳米孔直径对DNA测序的影响。研究结果表明，

DNA链通过二硫化钼纳米孔的时间随着电压的增加而减小，且单个碱基通过纳米孔的时间也

随着电压的增加而减少。此外，DNA通过二硫化钼纳米孔的几率随着孔径的增大而增大。

3、最后，本论文还探讨了牵引力和二硫化钼的原子电荷分布对DNA测序的影响。研究

表明，二硫化钼纳米孔测序的单碱基分辨率随着牵引力的增加而降低。同时，测序的分辨率

随着二硫化钼的原子电荷的增加而减少。在最佳外界因素的二硫化钼模型下，纳米孔能够有

效区分四种不同类型的碱基，实现高分辨率的单碱基测序。

关键词：二硫化钼，纳米孔，分子动力学模拟，吸附取向，DNA测序

ABSTRACT

Inrecentyears,genesequencinghasshowngreatapplicationpotentialindiseasepredictionand

treatment.Itisofgreatsignificancetodeveloptheefficientgenesequencingtechnology.Atpresent,

solid-statenanoporesequencingisconsideredtobethemostpromisingnext-generationsequencing

method.Fortunately,thetwo-dimensionalmonolayermolybdenumdisulfidewithsingle-atom

thicknesshasattractedmuchattention.Ithasbeenconsideredasapromisingnanomaterialduetoits

excellentelectronicpropertiesandmechanicalproperties.

Inthisthesis,moleculardynamics(MD)simulationmethodwasusedtoevaluatethesingle

nucleotidedistinguishresolutionofMoS2nanopore.Firstly,theadsorptionbehaviorofDNA

moleculeonthesurfaceofmolybdenumdisulfidewasexplored.Secondl