2025年大学《整合科学》专业题库—— 生物信息学在病毒演化研究中的应用.docxVIP

2025年大学《整合科学》专业题库——生物信息学在病毒演化研究中的应用

考试时间：______分钟总分：______分姓名：______

一、

简述生物信息学在病毒学研究中的主要作用。请至少列举三个不同的应用领域，并简要说明每个领域中使用到的关键技术或方法。

二、

病毒序列的高度变异是其快速演化的主要特征之一。请解释哪些因素会导致病毒基因组发生变异？这些变异对病毒的进化、致病性和传播有何影响？

三、

系统发育树是研究病毒进化关系的重要工具。请比较基于核苷酸序列和基于蛋白质序列构建系统发育树的异同点。在分析特定病毒的进化历史时，选择哪种序列数据可能更优？请说明理由。

四、

简述贝叶斯推理方法在病毒系统发育和进化分析中的应用原理。与传统的系统发育构建方法（如邻接法、最大简约法）相比，贝叶斯方法有何优势？

五、

高通量测序技术的发展使得我们能够获取大规模病毒基因组数据。请列举至少三种分析大规模病毒基因组数据集所面临的挑战，并分别提出相应的生物信息学解决方案。

六、

病毒与宿主之间的相互作用是影响病毒进化的关键因素。请描述如何利用生物信息学方法研究病毒基因与宿主基因之间的相互作用？这种研究对于理解病毒致病机制和开发宿主靶向疗法有何意义？

七、

基因分型是追踪病毒传播和疫情溯源的重要手段。请解释什么是基因分型？简述基于序列变异的基因分型方法（如脉动场分析）的基本原理及其在病毒流行病学调查中的应用。

八、

耐药性是病毒（尤其是抗病毒药物治疗的病毒）演化的重要驱动力。请讨论如何利用生物信息学方法监测和预测病毒的耐药性演化？在抗病毒药物研发和临床应用中，生物信息学可以发挥哪些作用？

九、

整合多种数据类型（如基因组序列、蛋白质结构、宿主免疫反应数据）可以更全面地理解病毒的演化过程。请设计一个研究方案，整合病毒基因组序列数据和宿主免疫反应数据来分析病毒逃避免疫监视的演化策略。请说明你将使用的生物信息学工具和方法。

十、

随着人工智能和机器学习技术的发展，这些技术越来越多地被应用于生物信息学领域。请举例说明人工智能或机器学习技术如何在病毒演化研究中发挥作用？你认为这些技术在未来病毒学研究中有哪些潜在的应用前景？

试卷答案

一、

生物信息学在病毒学研究中的主要作用包括：1.基因组测序与组装：利用高通量测序技术获取病毒基因组全貌。2.序列比对与分析：通过BLAST等工具进行序列相似性搜索，识别病毒种类，分析基因功能。3.系统发育与进化分析：构建系统发育树，研究病毒起源、演化关系与传播历史。4.耐药性监测：分析病毒基因突变，识别耐药位点。5.流行病学追踪：通过基因分型技术追踪病毒传播路径与溯源。6.蛋白质结构与功能预测：利用同源建模等方法预测病毒蛋白功能。这些技术有助于深入理解病毒特性，为防控提供科学依据。

二、

导致病毒基因组变异的主要因素包括：1.病毒复制过程中的随机错误：RNA病毒依赖的RNA依赖性RNA聚合酶（RdRp）缺乏校正能力，导致高突变率。2.重组事件：不同病毒株之间发生基因交换，产生新的基因组合。3.重新包装：病毒复制过程中可能发生错误包装，引入新的序列组合。4.宿主免疫系统压力：免疫选择压力导致病毒逃逸突变。5.环境因素：如温度变化可能影响病毒复制fidelity。这些变异对病毒进化影响体现在：1.增加病毒多样性，为自然选择提供原材料。2.可能导致病毒致病性增强或减弱。3.影响病毒传播能力，如通过抗原漂移逃避免疫清除。4.引发耐药性，降低抗病毒药物效果。5.可能导致宿主范围改变。

三、

基于核苷酸序列和蛋白质序列构建系统发育树的异同点：相同点：都通过比较序列差异来推断进化关系，常用距离法、最大似然法、贝叶斯法等构建树。不同点：1.变异模式：核苷酸序列存在插入缺失（Indels），蛋白质序列则相对保守。2.遗传码：核苷酸翻译为氨基酸时存在遗传码差异，蛋白质序列分析需考虑此因素。3.保守性：蛋白质序列通常比核苷酸序列更保守，对快速进化更敏感。选择哪种序列数据更优取决于研究目的：分析病毒长期进化关系、群体结构或基因功能演化，核苷酸序列（尤其是保守区或整个基因组）可能更优；分析近期快速进化、抗原变异或致病性变化，蛋白质序列（如衣壳蛋白、关键酶）可能更优。因为蛋白质功能直接相关，且受选择压力影响更明显。

四、

贝叶斯推理方法在病毒系统发育和进化分析中的应用原理：基于贝叶斯定理，结合先验信息（如进化模型假设）和序列数据，计算后验概率分布，推断系统发育关系。其核心是使用概率来表示不确定性，通过MCMC（马尔可夫链蒙特卡洛）等方法抽样，得到树空间的样本，最终得到系统发育树的概率分布而非单一树。优势：1.可以融合多种数据类型（核苷酸、蛋白质、结构）和先验信息。2.能够直接计算树的概率，提供