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河南农业科学，2025，54（7）：12‐20
JournalofHenanAgriculturalSciencesdoi:10.15933/ki.1004-3268.2025.07.002
水稻苗期耐旱性全基因组关联分析及
候选基因预测
111112211
黄世鹏，何虎强，李光照，陈传鑫，钟拓，谢剑波，周湘晚，王丹，肖应辉
（1.湖南农业大学农学院，湖南长沙410000；2.新邵县农业农村局，湖南新邵422900）
摘要：以水稻多样性群体RDP-Ⅱ中的355份种质为材料，以干旱复水后的黄叶率为耐旱评价指标，结
合群体基因型数据进行全基因组关联分析（GWAS），并对耐旱相关候选基因进行分析，旨在为耐旱水稻
培育提供优异种质资源及基因资源。结果表明，在RDP-Ⅱ群体中热带粳稻黄叶率最低，奥斯稻黄叶率
最高。通过GWAS鉴定到17个耐旱相关SNP（单核苷酸多态性）位点，分布在水稻第1、2、3、6、7、8、11、
12号染色体上，对峰值SNP附近10kb区段进行候选基因预测，筛选出33个耐旱相关候选基因，主要包
括蛋白激酶、转座子蛋白基因等。基于基因功能注释，挑选其中8个候选基因分别在耐旱种质和不耐旱
种质中进行表达量分析，鉴定到表达差异显著的基因OsCTFdt、OsPEX1，分别正调控和负调控水稻苗期
耐旱性。OsCTFdt、OsPEX1基因分别有4种单倍型，且优势单倍型的黄叶率均显著低于其他单倍型。
关键词：水稻；苗期耐旱性；全基因组关联分析；候选基因预测；单倍型
中图分类号：S511文献标志码：A文章编号：1004-3268（2025）07-0012-09
Genome‐wideAssociationAnalysisandCandidateGenePrediction
forRiceDroughtToleranceatSeedlingStage
11111
HUANGShipeng，HEHuqiang，LIGuangzhao，CHENChuanxin，ZHONGTuo，
2211
XIEJianbo，ZHOUXiangwan，WANGDan，XIAOYinghui
（1.CollegeofAgronomy，HunanAgriculturalUniversity，Changsha410000，China；
2.AgricultureandRuralAffairsBureauofXinshaoCounty，Xinshao422900，China）
Abstract：：Taking355ricegermplasmsfromRDP‐Ⅱasmaterials，takingtheyellowleafrateafter
re‐wateringasthedroughttoleranceevaluationindex，combinedwiththepopulationgenotypedata，
genome‐wideassociationanalysis（GWAS）wascarriedout，andthecandidategenesrelatedtodrought
tolerancewereanalyzed，soastoprovideexcellentgermplasmresourcesandgeneresourcesforthe
breedingofdroughtt
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