小麦籽粒色泽性状的全基因组关联分析及候选基因挖掘.pdfVIP

植物遗传资源学报2025，26（4）：784-796

JournalofPlantGeneticResourcesDOI:10.13430/ki.jpgr.20240816005

小麦籽粒色泽性状的全基因组关联分析

及候选基因挖掘

董中东,井震海,裴丹,孙丛苇,陈锋

（河南农业大学农学院，郑州450046）

摘要：小麦籽粒色泽性状亮度（L*）、红度（a)和黄度（b*)是小麦品质的重要指标。为挖掘调控小麦籽粒色泽相关性状

的遗传位点，对黄淮麦区243份小麦材料组成的自然群体进行了4个环境下籽粒色泽性状表型调查，群体基因型信息由小

麦660KSNP芯片表征，并在此基础上进行了全基因组关联分析。结果表明，与籽粒色泽关联的显著SNP位点共有785个，

可解释11.4%~23.4%的表型变异，其中与L关联的SNP位点主要分布在1A、1D、2B、3D、7A和7D染色体上，与a关联的

SNP位点主要分布在2A、2B、2D、4B、5B、5D、7A和7D染色体上，与b关联的SNP位点主要分布在2B、5B、5D、6D、7A、7B

和7D染色体上。51个显著SNP位点为一因多效位点。通过基因功能注释挖掘到了36个和籽粒色泽相关的候选基因，其

中仅8个基因在籽粒中表达。进一步通过基因多态性分析发现仅有小麦硬度调控基因Pinb(TraesCS5D02G004300)和

UDP-葡萄糖/GDP-甘露糖脱氢酶基因TraesCS5B02G399800与目标性状显著关联。单倍型分析挖掘到位于

TraesCS5B02G399800基因内部的差异单倍型与b*显著关联。本研究挖掘到的候选基因对小麦籽粒色泽的分子标记辅助选

择和全基因组预测提供了参考。

关键词：小麦；籽粒色泽；全基因组关联分析

Genome-WideAssociationStudiesofKernelColorTraitsin

CommonWheatandMiningofCandidateGene

DONGZhongdong,JINGZhenhai,PEIDan,SUNCongwei,CHENFeng

(CollegeofAgronomy,HenanAgriculturalUniversity,Zhengzhou450046)

Abstract:WheatkernelcolorrelatedtraitsL,a,andbareimportantindicatorsofwheatquality.To

elucidatethegeneticarchitectureunderlyingthesetraits,weconductedacomprehensivegenome-wide

associationstudy(GWAS)using243wheataccessionsfromHuang-huaiwheatregion.Phenotypicevaluations

wereperformedinfourenvironments,complementedbygenotypingusingthewheat660KSNPassay.We

identified785significantSNPmarkersassociatedwithkernelcolortraits,collectivelyexplaining11.4%-23.4%

phenotypicvariation.Marker-traitassociationsexhibiteddistinctchromosomaldistributions:SNPsassociated

withL*aremainlylocatedonchromosomes1A,1D,2B,3D,7Aand7D;SNPsassociatedwithaare

primarilydistributedonchromosome2A,