CN113661249B 用于分离无细胞dna的组合物和方法 （夸登特健康公司）.docxVIP

(19)国家知识产权局

(12)发明专利

(10)授权公告号CN113661249B(45)授权公告日2025.07.01

(21)申请号202080026244.0

(22)申请日2020.01.31

(65)同一申请的已公布的文献号申请公布号CN113661249A

(43)申请公布日2021.11.16

(30)优先权数据

62/799,6372019.01.31US

(85)PCT国际申请进入国家阶段日2021.09.29

(86)PCT国际申请的申请数据

PCT/US2020/0161202020.01.31

(87)PCT国际申请的公布数据

WO2020/160414EN2020.08.06

(73)专利权人夸登特健康公司地址美国加利福尼亚州

(72)发明人安德鲁·肯尼迪

阿里尔·海莫维奇马修·舒尔茨

威廉·J·格林利夫

(74)专利代理机构北京安信方达知识产权代理有限公司11262

专利代理师王玮玮郑霞

(51)Int.CI.

C12Q1/6806(2006.01)

C12Q1/6886(2006.01)

(56)对比文件

CN109196359A,2019.01.11

WO2018119452A2,2018.06.28

WO2017190215A1,2017.11.09

US2018305738A1,2018.10.25

审查员梁理玲

(54)发明名称

循环核酸101分区102

循环核酸101

分区102

分区2

加标签104

分区2标签2

汇集106

汇集的加标签的群体

108

对来自分区的数据的计算机模拟分析

分区1

分区1标签1

103b

105b

107

109

(57)摘要

103a105a本文公开了用于分离DNA诸如无细胞DNA(cfDNA)的组合物和方法。在一些实施方案中，无细胞DNA来自具有或疑似具有癌症的受试者，和/或无细胞DNA包括由肿瘤产生的DNA。在一些实施方案中，通过该方法分离的DNA使用序列可变靶区组(asequence-variabletargetregionset)和表观遗传靶区组(anepigenetictargetregionset)捕获，其中序列可变靶区组以比表观遗传靶区组更高的捕获产量被捕获。在一些实施方案中，序列可变靶区组的捕获的cfDNA被测序至比表观遗传靶区组的捕获的cfDNA更深的测

103a

105a

CN113661249B

CN113661249B

CN113661249B权利要求书1/2页

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1.一种非暂时性计算机可读介质，所述非暂时性计算机可读介质包括计算机可执行的指令，所述计算机可执行的指令在由至少一个电子处理器执行时进行一种鉴定由肿瘤产生的DNA的存在的方法，所述方法包括：

从测试受试者收集cfDNA,

使用甲基结合结构域，将从所述测试受试者获得的cfDNA基于甲基化水平分区为2个或更多个级分，并且对每个级分进行方法的随后步骤；

使用靶特异性探针，从所述cfDNA中捕获多于一个靶区组，

其中(i)所述多于一个靶区组包括序列可变靶区组和表观遗传靶区组，从而产生捕获的cfDNA分子组，(ii)在捕获的cfDNA分子组中，对应于所述序列可变靶区组的cfDNA分子以比对应于所述表观遗传靶区组的cfDNA分子高的捕获产量被捕获；以及(iii)所述表观遗传靶区组选自以下中的一种或更多种：

(a)超甲基化可变靶区组；

(b)低甲基化可变靶区组；

(c)甲基化对照靶区组；和

(d)片段化可变靶区组，其中所述片段化可变靶区组包括转录起始位点区和/或CTCF结

合区；

对所述捕获的cfDNA分子进行测序，

其中所述序列可变靶区组的捕获的cfDNA分子被测序至比所述表观遗传靶区组的捕获的cfDNA分子深至少2倍的测序深度；

获得由核酸测序仪通过对所述捕获的cfDNA分子进行测序而产生的多于一个序列读段；

将所述多于一个序列读段映射至一个或更多个参考序列以产生映射的序列读段；和

处理对应于所述序列可变靶区组和所述表观遗传靶区组的映射的序列读段，以确定所述受试者具有癌症的可能性。

2.根据权利要求1所述的非暂时性计算机可读介质，