趋化因子及其受体：高通量测序数据分析课件.pptxVIP

一、前言演讲人2026-01-03

01前言02病例介绍03护理评估——数据质量的“全身体检”04护理诊断——数据问题的“精准定位”05护理目标与措施——数据分析的“精准干预”06并发症的观察及护理——数据分析中的“意外应对”07健康教育——结果的“转化与传播”08总结目录

趋化因子及其受体：高通量测序数据分析课件

01前言ONE

前言站在实验室的测序仪前，看着屏幕上滚动的碱基序列，我总会想起十年前刚入行时的场景——那时研究趋化因子及其受体，还只能用qPCR一个个测，样本量稍大就手忙脚乱。如今，高通量测序技术早已颠覆了这个领域的研究模式。

趋化因子（chemokines）是一类分子量约8-14kD的分泌型细胞因子，通过与G蛋白偶联受体（GPCR）家族的趋化因子受体（chemokinereceptors）结合，像“分子导航员”般精确调控免疫细胞的迁移、归巢与活化。从感染时中性粒细胞的快速募集，到肿瘤微环境中T细胞的“迷路”，从自身免疫病中免疫细胞的“误闯”靶器官，再到组织修复时干细胞的定向迁移，趋化因子及其受体的异常表达几乎贯穿了所有免疫相关疾病的病理进程。

前言但传统方法的局限也很明显：ELISA只能测已知因子，qPCR一次测几十个基因，蛋白芯片通量虽高，却难以覆盖受体的动态转录调控。直到高通量测序（NGS）技术普及——RNA-seq能同时检测数万基因的表达量，单细胞测序（scRNA-seq）能解析不同细胞亚群的趋化因子受体谱，表观测序（ATAC-seq）能揭示受体基因的调控元件……这些技术让我们得以从“点”的研究转向“网”的探索。

不过，数据量越大，挑战也越大。去年我参与的“炎症性肠病（IBD）肠黏膜趋化因子受体表达谱研究”项目中，10例患者和10例对照的测序数据，光是原始FASTQ文件就占了200G。如何从这些“数字洪流”中精准挖掘趋化因子及其受体的表达特征？这就是今天要分享的核心——高通量测序数据分析的全流程实战。

02病例介绍ONE

病例介绍先从我们团队去年完成的一个真实项目说起。这是一项多中心合作研究，目标是通过RNA-seq分析活动期IBD患者（包括溃疡性结肠炎UC和克罗恩病CD）肠黏膜组织中趋化因子及其受体的差异表达，寻找潜在治疗靶点。

样本情况：入组20例受试者，其中活动期UC患者5例（男3，女2，平均年龄32岁）、活动期CD患者5例（男4，女1，平均年龄35岁）、健康对照10例（男6，女4，平均年龄30岁）。所有患者均经内镜和病理确诊，排除合并感染或肿瘤的情况。

测序方案：采用IlluminaNovaSeq6000平台，双端150bp测序（PE150），每个样本测序深度约50Mreads（即5000万条读长）。样本处理严格遵循标准流程：肠黏膜活检组织离体30分钟内液氮冻存，RNA提取时用Qubit测浓度、Agilent2100测RIN值（所有样本RIN7.5），文库构建用NEBNextUltraIIRNALibraryPrepKit，最终通过Q-PCR定量后上机测序。

病例介绍项目目标：

筛选IBD患者与健康对照间差异表达的趋化因子（CCL、CXCL家族等）及其受体（CCR、CXCR等）；

分析差异基因的功能富集通路，构建趋化因子-受体互作网络；

探索UC与CD亚型间的趋化因子表达异质性。

03护理评估——数据质量的“全身体检”ONE

护理评估——数据质量的“全身体检”护理患者要先做全面评估，分析测序数据也一样。拿到原始数据（FASTQ文件）的那一刻，我首先想到的不是急着跑流程，而是像护士检查患者生命体征般，给数据做“全身体检”。

原始数据质量评估用FastQC软件对每个样本的FASTQ文件进行质量控制（QC），重点看三个指标：

Phred质量分数（Q-score）：反映每个碱基的测序准确性。Q30（错误率≤0.1%）占比是关键——我们的样本中，18例Q3085%（达标），但有2例UC患者样本Q30仅78%，可能是活检组织保存时短暂离冰导致RNA降解，影响了文库质量。

接头污染：测序时若片段过短，可能导致双端读长重叠，出现接头序列（adapter）。FastQC的“AdapterContent”模块显示，所有样本接头污染均0.5%，无需担心。

序列重复性：低复杂度序列（如AAAAA）占比过高，可能提示PCR扩增偏倚。我们的样本中，重复序列占比均5%，符合要求。

比对到参考基因组的质量原始数据需要比对到人类参考基因组（GRCh38）才能定位到具体基因。用STAR软件进行比对后，统计比对率（MappedRate）和唯一比对率（UniquelyMappedRate）：

18例达标样本的比对率90%，唯一比对率85%；

那2例Q30低的样本，比对率仅82%，且有大量reads比对到线粒体