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基于结构解析的P-糖蛋白同源模建与抑制剂药物设计研究

一、引言

1.1研究背景与意义

癌症，作为严重威胁人类生命健康的重大疾病之一，长期以来一直是全球医学研究的重点攻克对象。在癌症治疗的众多手段中，化疗占据着至关重要的地位，它为许多癌症患者带来了生存的希望。然而，一个棘手的问题却严重阻碍了化疗的疗效，那便是肿瘤细胞对化疗药物产生的耐药性，尤其是多药耐药（MDR）现象。多药耐药意味着肿瘤细胞一旦对某一种化疗药物产生耐药，往往会同时对多种结构和作用机制各异的化疗药物产生抗性，这使得原本有效的化疗方案逐渐失去效果，导致癌症治疗的失败，患者的病情难以得到有效控制，生存率显著降低。

在导致肿瘤多药耐药的众多因素中，P-糖蛋白（P-glycoprotein，P-gp）的过度表达被公认为是主要原因之一。P-gp属于ATP结合盒转运体（ATP-bindingcassettetransporter）蛋白家族，亚家族B，是一种170ku的ATP依赖性的跨膜外排转运蛋白，在人体中主要由多药耐药基因（multi-drugresistance1，MDR1），又称为AB-CB1基因编码，MDR3基因编码产物也参与其磷脂转运。其结构独特，拥有不同的结合袋，包含芳香和疏水残基以及具有极性侧链的氨基酸，三级结构还具备三维重新定向的能力，且没有固定的配体结合口袋，这使得其底物范围极为广泛，分子量在250-4000ku之间的极性和非极性化合物均有可能成为它的底物。P-gp镶嵌在生物膜磷脂双分子层上，由两个结合底物的同源跨膜结构域（transmembranedomains，TMDs）和两个结合ATP的胞质内核苷酸结合结构域（nucleotidebindingdomains，NBDs）组成。在工作时，P-gp通过ATP水解供能，利用扭曲-挤压机制将细胞内的化疗药物等底物泵出细胞外。当只结合ATP时，P-gp能较稳定地维持内向构型，为细胞内药物提供结合位点；再结合底物后，整个蛋白质发生扭曲运动，转换为外向型，将底物直接挤压到细胞外，从而降低细胞内药物浓度，使肿瘤细胞对化疗药物产生耐药性。

P-gp的这种外排作用不仅影响肿瘤化疗效果，还在人体正常生理过程中发挥作用，它参与药物的吸收、分布、代谢和排泄，存在于全身各种上皮细胞、肝细胞、肾细胞，在血液细胞和免疫细胞上也有表达，保护机体免受有害物质的侵害。但在肿瘤治疗场景下，它却成为了阻碍化疗成功的关键因素。因此，深入研究P-gp的结构与功能，对于揭示肿瘤多药耐药的分子机制，寻找有效的逆转耐药方法，具有重大的理论和实践意义。这不仅有助于提高现有化疗药物的疗效，改善癌症患者的治疗效果和生存质量，还可能为开发新型抗癌药物和治疗策略提供重要的理论依据，为攻克癌症这一医学难题开辟新的道路。

1.2国内外研究现状

在P-糖蛋白的结构研究方面，国内外学者取得了一系列重要成果。国外研究团队如普渡大学、霍华德休斯医学研究所的科研人员，通过艰苦的科研攻关，成功报道了来自秀丽隐杆线虫的多药蛋白P-糖蛋白的晶体结构。研究发现，相比在去垢剂中，P-gp在细胞膜双分子层中对抗癌药物放线菌素D和紫杉醇的明显亲和力要分别高4000和100倍，揭示了膜分配在药物与转运蛋白相互作用中的重要性。晶体结构分析还显示转运蛋白在细胞膜内层水平上打开了药物信号通路，并且在向着细胞膜开放的螺旋侧翼中，观察到扩展环有可能调控药物结合，作为信号通道闸门的铰链起作用。基于此，研究人员还生成了一个人类P-gp的同源性模型，该模型结构与大量人类P-gp的生物化学和生物物理数据相一致，为后续研究提供了重要参考。国内学者也在P-gp结构研究上积极探索，利用各种先进技术手段，深入剖析P-gp的结构特征，为全面理解其功能奠定基础。

在同源模建方法研究领域，国内外均有众多学者开展相关工作。大家普遍从PDB数据库中筛选与P-gp相关的蛋白作为同源模板，运用常用的生物信息学软件进行数据挖掘与预处理，包括同源比对、结构比较和融合等操作，最终基于模板建立P-gp的三维结构模型。在这个过程中，不断优化建模算法和参数，提高模型的准确性和可靠性。例如，有研究基于最新的鼠P-gp的晶体结构作为模板，模建了人的P-gp处于活性催化状态的三维结构，所建模型经过优化以及分子动力学模拟达到平衡后，利用PROCHECK、ERRAT和PROSA程序进行构象和能量的评价，并与鼠P-gp的晶体结构以及交联实验和定点突变实验数据进行比较，证实了模型的合理性。

在P-gp抑制剂研发方