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生物信息分析师考试试卷
一、单项选择题(共10题,每题1分,共10分)
以下哪种工具常用于基因组从头组装?
A.BLAST
B.Bowtie2
C.SPAdes
D.DESeq2
答案:C
解析:SPAdes是专门用于基因组从头组装的工具(基于短读长数据);BLAST用于序列比对,Bowtie2用于比对到参考基因组,DESeq2用于差异表达分析,故正确答案为C。
FASTQ格式文件的核心信息不包括?
A.序列标识符
B.核酸序列
C.质量分数
D.引物序列
答案:D
解析:FASTQ格式包含四行:序列标识符、核酸序列、分隔符、质量分数(Phred值);引物序列通常不在FASTQ中,故D错误。
SNP检测时,常用的过滤指标不包括?
A.测序深度
B.杂合度
C.GC含量
D.质量值(QUAL)
答案:C
解析:SNP过滤通常考虑深度(DP)、质量值(QUAL)、杂合度(如HET)等;GC含量是基因组整体特征,不直接用于SNP过滤,故C错误。
以下哪项是三代测序技术的典型特征?
A.读长100-300bp
B.单分子实时测序
C.错误率0.1%
D.基于边合成边测序
答案:B
解析:三代测序(如PacBio、OxfordNanopore)的核心是单分子实时测序,读长可达数万bp但错误率较高(~15%);边合成边测序是二代技术(如Illumina)的特征,故B正确。
BAM文件的本质是?
A.压缩的FASTA文件
B.二进制格式的比对结果
C.原始测序数据的质控报告
D.基因表达量的定量结果
答案:B
解析:BAM(BinaryAlignment/Map)是SAM(序列比对格式)的二进制压缩版本,存储测序reads与参考基因组的比对信息,故B正确。
系统发育树构建中,最大似然法(ML)的核心假设是?
A.序列进化速率恒定
B.进化过程符合特定概率模型
C.优先选择最短进化路径
D.仅使用保守序列区域
答案:B
解析:最大似然法基于概率模型(如GTR+G+I)计算序列进化的可能性,寻找最可能的树结构;分子钟假设(速率恒定)是邻接法(NJ)的前提,最短路径是最大简约法(MP)的特征,故B正确。
RNA-seq分析中,“去核糖体RNA”的主要目的是?
A.减少测序数据量
B.富集mRNA
C.提高比对效率
D.降低GC偏好性
答案:B
解析:真核生物总RNA中核糖体RNA(rRNA)占比90%,去除rRNA可富集mRNA(目标分子),避免无效测序,故B正确。
以下哪个数据库主要存储蛋白质三维结构信息?
A.GenBank
B.PDB
C.Ensembl
D.dbSNP
答案:B
解析:PDB(蛋白质数据库)存储蛋白质/核酸的三维结构;GenBank是核酸序列数据库,Ensembl是基因组注释数据库,dbSNP是SNP数据库,故B正确。
GWAS(全基因组关联分析)的主要目的是?
A.鉴定疾病相关的结构变异
B.分析基因表达调控网络
C.定位与表型关联的遗传标记
D.预测蛋白质功能结构域
答案:C
解析:GWAS通过全基因组水平的SNP分型,寻找与复杂性状(如疾病)显著关联的遗传标记(如SNP),故C正确。
ChIP-seq数据中,“peakcalling”的本质是?
A.检测蛋白结合位点
B.计算基因表达量
C.分析染色质开放区域
D.鉴定可变剪切事件
答案:A
解析:ChIP-seq(染色质免疫共沉淀测序)通过富集特定蛋白结合的DNA片段,peakcalling(峰检测)用于定位该蛋白的结合位点(如转录因子结合位点),故A正确。
二、多项选择题(共10题,每题2分,共20分)
以下属于NGS(二代测序)技术特点的是?
A.读长通常1000bp
B.单分子实时测序
C.高通量(亿级reads)
D.需要PCR扩增
答案:ACD
解析:NGS(如Illumina)通过桥式PCR扩增生成簇(Cluster),读长较短(50-300bp),通量极高;单分子实时测序是三代技术(如PacBio)的特征,故B错误,ACD正确。
基因组注释的主要内容包括?
A.基因结构预测(外显子/内含子)
B.非编码RNA识别(如miRNA)
C.重复序列注释(如转座子)
D.蛋白质三维结构解析
答案:ABC
解析:基因组注释包括基因结构(CDS、UTR等)、非编码RNA、重复序列、调控元件等;蛋白质结构解析需实验或同源建模,不属于基因组注释范畴,故D错误,ABC正确。
以下哪些指标可用于评估测序数据质量?
A.Q30比例(质量值≥30的碱基占比)
B.GC含量分布
C.接头污染率
D.比对率(比对到参考基因组的reads比例)
答案:ABCD
解析:
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