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第25卷第4期中国食品学报Vol.25No.4

2025年4月JournalofChineseInstituteofFoodScienceandTechnologyApr.2025

基因组学在食品微生物研究中的应用

翟齐啸，张川

（江南大学食品学院江苏无锡214122）

摘要食品微生物与人类健康密切相关，基因组学技术的发展为食品微生物研究提供了革命性平台。本文从物种分类鉴

定、群落互作、功能机制及安全风险评估4个维度探讨基因组学在食品微生物领域中的应用。借助基因组学技术可实现食

品微生物的精准分类与鉴定，并阐明发酵食品中菌种间互作网络及协同代谢机制。同时，通过解析功能基因，为益生菌功能

研究提供分子水平新视角，并在食源性致病菌溯源方面展现优势。然而，食品微生物基因组学研究仍面临样本前处理标准

化体系缺失，数据分析流程规范化不足，功能验证体系不完善等技术瓶颈。未来，随着测序技术的创新与人工智能算法的引

入，食品微生物基因组学研究将向多组学整合分析转变，逐步形成以食品微生物组学为核心的研究框架，为提升我国食品

产业核心竞争力，保障国家食品安全提供坚实的科技支撑。

关键词食品微生物；基因组学；物种鉴定；功能解析；食品微生物组

D0I:10.16429/j.1009-7848.2025.04.001

文章编号1009-7848(2025)04-0001-07

食品微生物在食品的生产、加工、保存和消费不可或缺的一部分，为微生物学领域带来了革命

等环节中扮演着重要角色。这些微生物种类繁多，性的变化叫。

既包括对食品生产有益的菌种,如醋酸杆菌、酵母在食品微生物研究中，基因组学的应用日益

菌和乳酸菌等叫，也包括可能导致食品变质或引发广泛，并显著推动了该领域的发展。其主要应用包

食源性疾病的有害菌种，如曲霉、蜡样芽孢杆菌、括：通过基因组预测微生物的生理特性，提升目标

沙门氏菌、大肠杆菌、金黄葡萄球菌和肉毒杆菌菌种的筛选效率；研究发酵食品中种群之间的互

等,这些微生物对人体健康构成潜在的威胁[2-3]。作网络，揭示其生态关系；解析微生物的遗传特

食品微生物的应用与控制是食品科学领域的性，发现新的微生物功能元件并深人理解其功能；

核心议题。一方面,通过选育和利用有益的生产型利用基因组信息进行精准溯源，解析菌种的传播

微生物和益生菌，来提升食品的营养价值、风味和模式和进化规律。基因组学的发展不仅拓展了对

质地，同时增强其健康效益[4-]。另一方面，食品工微生物多样性和复杂性的认识，还为食品微生物

业采取多种措施来预防和减少有害微生物的污研究、食品工业创新和食品安全管理提供了新的

染，例如通过环境卫生、冷链储运、物理方法、化学工具和视角。

方法、生物方法以及建立HACCP体系和定期微生

物检测[6-8]。近年来,随着基因组学技术的发展,食

1基因组学促进对食品微生物物种的

品微生物研究迎来了全新的机遇9]。基因组学是一认知

门以生物体全部基因为研究对象的学科，涉及基传统的菌种选育方法通过从自然界中收集生

因组的结构、功能、演化、组装和编辑等方面。自物样本进行分离培养，结合微生物学性状分析和

DNA双螺旋结构的发现以来,基因组学经历了从生理功能评价来筛选优良菌种。然而，这种方式存

人类基因组计划到细菌全基因组测序的重要里程在缺乏靶标，依赖人工经验，机制不明以及选育周

碑[。目前,基因组学已经成为现代生物学研究中期较长等局限性。相比之下，基因组预测生理特性

的方法显著提升了菌种选育的目标性。例如,通过

收稿日期：2025-03-31

基因组信息解析,可以预测菌种的代谢能力、关键

基金项目：国家自然科学基金联合基金重点支持项目

适应特征及相关