NCBI中各符号代表的意思.pdfVIP

GenBank中字符的意思

Nucleotide数据库分为三个子数据库：

・EST:表达序列标记数据库

・GSS:基因组测序序列数据库

•CoreNucleotide:包含所有未被以上两个子数据库收录的昔酸序列

•MeSH：查询缩写基因的全称

3、RefSeq(ReferenceSequence)序列接受号：

(1)mRNA记录(NM_x):

e..:NM_000492

(2)基因组的DNA重叠群(NT_*):

e..:NT_000347

(3)完整的基因组或染色体(NC_*):

e..:NC_000907

(4)基因组的局部区域(NG_*):

e..:NG_000019

(5)从人类基因组注释、加工得到的序列模型(XM,XP,orXK.*):

e..:XM_000483

•GenBank记录中特性表中的主要关键词:

关键词解释关键词解释

misc_feature生物学特性无法用特性promoter转录起始区

表关键词描述的序列

misc_difference序列特性无法用特性表CAAT_sinal真启动子上游的

关键词描述的序列CAAT盒，与RNA结合相

关

conflict同一序列在不同的研究TATA_sinal真启动子的TATA盒

中在位点或区域上有差

异

unsure序列不能确定的区域-35_sinal原启动子中的-35框

old_sequence该序列对以前的版本做-10_sinal原启动子的Pnbow盒

过修订

variation包含稳定突变的序列GC_sinal真启动子的GC盒

modified_base修饰过的甘酸RBS糖体结合位点

ene已识别为基因或已命名polyA_sinalRNA转录本的剪切识别

的序列区域位点

misc_sinal无法用信号特性关键词enhancer增强子

描述的信号序列

关键词解称关键词解释

attenuator与转录终止有关的序列CDS蛋白质编码序列

terminator转录终止序列sig_peptide编码信号肽的序列

rep_origin双链DNA复起始区transit_peptide转运蛋白编码序列

misc_RNA无法用RNA关键词描述的mat_peptide编码成熟肽的序列

转录物或RNA产物

prim_transcript初始转录本