【毕业论文】基于tRNA鹿科的进化关系研究.docVIP

【标题】基于tRNA鹿科的进化关系研究 【作者】李霞 【关键词】白唇鹿 mtDNA? tRNA基因?? tRNA进化树 【指导老师】吴少斌 【专业】生物科学 【正文】1引言白唇鹿(Cervus albirostris)，俗名白鼻鹿、黄鹿、红鹿、青鹿、哈马，属于偶蹄目，反刍亚目，鹿科，是中国特有种，没有亚种分化。在国内主要分布于甘肃、青海、四川、西藏的森林、灌丛、草甸中，为国家一级重点保护动物、IUCN易危物种，中国珍稀动物红皮书列为渐危物种(Vulnerable)。白唇鹿几千年来只栖身在中国3500米高的严寒地带，也是惟一生存在高原的大型鹿类。但是，白唇鹿大约在更新世晚期就生活在喜马拉雅山一带，这里以前曾经是茂密的森林，后来，地壳上升，气候变冷，白唇鹿的范围东移，最后在高原的边缘地带顽强的适应下来，进化成今天的模样。因此，研究白唇鹿，对了解整个鹿类的进化系统有着相当重要的意义。在Grubb?[1]的分类体系中，Cervidae?鹿科16个属被分为4个亚科，即鹿亚科Cervinae、麂亚科Muntiacinae、獐亚科Hydropotinae和空齿鹿亚科Odocoileinae。鹿亚科Cervinae包括4个属（黇鹿属Dama、花鹿属Axis、?麋鹿属Elaphurus、鹿属Cervus）；麂亚科Muntiacinae包括2个亚洲属（麂属Muntiacus 9个种、单种的毛冠鹿属）；獐亚科Hydropotinae仅包括无角的獐；空齿鹿亚科Odocoileinae包括较多的不同种类，有9个属（驼鹿属Alces、驯鹿属Rangifer、狍属Capreolus、空齿鹿属Odocoileus、短角鹿属Mazama、南美泽鹿属Blastocerus、马驼鹿属Hippocamelus、草原鹿属Ozotoceros、?普度鹿属Pudu）。麂属Muntiacus是一个单系群(Amato et al[2])；鹿亚科 Cervinae是一个单系群，也得到D-loop和Cyb?等基因分析的支持(Randi et al.)?[3]。獐亚科Hydropotinae?仅有一个物种獐（Hydropotes inermis）；空齿鹿亚科Odocoileinae是问题最多的一个分类，属间关系的争议特别多，空齿鹿亚科 Odocoileinae是否为单系群遭到Grubb?质疑。同时，各亚科和属间的关系仍存在许多不一致的看法。目前，国内外对tRNA的研究和运用tRNA方法对进化关化的研究都较多。1958年，Crick?提出tRNA?（转录核糖核酸）具有重要遗传转录性质，之后tRNA进入分子生物学研究领域，tRNA在细胞信息转录中扮演着重要的角色[4]。tRNA在蛋白质合成中处于关键地位，它不但为每个三联密码子翻译成氨基酸提供了接合体，还为准确无误地将所需氨基酸运送到核糖上提供了运送载体，所以它又被称为第二遗传密码[5]。大量的实验及研究已经证实所有tRNA分子都具有相似的一、二、三级结构，而且二级结构是三叶草形，三级结构具有L?形。1989?年Syozo Osawa?等[6]提出了遗传密码子重组假设，也就是密码子在缺失后重新出现，这时tRNA?序列可能运送与原来不同的氨基酸。1993年Sergey Rodin?等[7]提出了 tRNA?通过反密码子互补复制进化机制。1994?年 Lars S. Jermiin?等[8]提出了分析定向突变压力的新方法。1998?年Margaret E. Saks?等[9]提出tRNA序列在反密码子位置通过点突变的进化机制。2001?年Justin M. OSullivan?等[10]认为遗传密码子不是一成不变,?而是在连续演变。2006?年Fang ping Wei?等[11]提出了现代tRNA?序列最初是通过互补复制进化机制，而在进化过程中点突变是重要的辅助机制。陈伯文等用tRNA的相似度、网络的度和平均度进行了tRNA序列的进化网络研究[12]。如果现代所有的 tRNA序列都是由共同的祖先进化而来的，那么在它们之间的变异程度将会揭示出它们在进化历史上的从属关系，本实验是利用tRNA来研究鹿科的进化关系。?????本实验的研究利用保存白唇鹿Cervus albirostris的肉，提取出线粒体DNA，在通过测序得到基因的序列，白唇鹿线粒体基因组中共有22个tRNA基因，长度在60–73bp之间。先通过对所有基因的片对结构的分析，然后运用用ClustalX1?8软件分别对鹿亚科tRNA进行比对，再用MEGA2?1软件统计转换数和颠换数，分析各物种间的DNA序列差异，并基于Kimura双参数模型，用转换和颠换的信息，采用邻接法(neighbor-joining method,NJ)?和最小进化法（Minim